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Estrella
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 03 dicembre 2008 : 19:24:04
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Ciao a tutti,
ho un esercizio da risolvere ma non riesco a venirci a capo.. Ho due gruppi di strain di E. coli, gli strain del primo gruppo producono galattosidasi, quelli del secondo invece no.
Con blastall dovrei riuscire a capire qual è il gene che sostituisce quello per la galattosidasi nel secondo ceppo.. Ma come faccio?
Grazie mille!
Estrella
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 03 dicembre 2008 : 19:56:39
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Come lo risolveresti tu questo esercizio?
blastall ti permette di confrontare due o piu' sequenze alla volta, e anche di interrogare database che contengono informazioni su proteine e domini proteici. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Estrella
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 03 dicembre 2008 : 22:29:22
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So di dover usare il metodo delle Best Reciprocal Hits, fare un blastall di ogni singolo genoma contro ogni altro genoma, sempre preso singolarmente... Ma non ho proprio idea di come leggere i risultati, non ho nemmeno capito bene cosa sia la Best Reciprocal Hit, googlando non trovo granché.
Ti ringrazio tantissimo per la risposta comunque :) |
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Estrella
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 03 dicembre 2008 : 23:21:46
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Il concetto del 'best reciprocal hits' te lo spiego meglio con un esempio.
Immagina che nell'organismo 1 vi sia un gene di tuo interesse.
Nell'organismo 2 questo gene é andato soggetto ad una duplicazione; per cui ve ne sono due copie, una più conservata e l'altra meno.
Il gene nell'organismo 1 e la copia più conservata nell'organismo 2 saranno best reciprocal hits, e a seconda del modello utilizzato, considerati come ortologhi.
La seconda copia dell'organismo 2 e il gene nell'organismo 1, invece, non saranno best reciprocal hits, perché il gene del primo organismo ha un match con valore più alto nell'altra copia.
Comunque credo che questo non abbia molto a che fare con il tuo esercizio.
Secondo me l'esercizio non é molto ben definito, e si risolve differentemente a seconda di chi te lo ha proposto e di quali presupposti fa.
Se si suppone che i due ceppi abbiano lo stesso genoma, ma differiscano solo per il gene della galattosidasi, allora la soluzione é molto semplice: basta allinearli e vedere dove si trova il 'buco'.
Una soluzione migliore potrebbe essere quella di scaricare prima un set di tutte le sequenze annotate per attività di galattosidasi in nr (per esempio, vai su ncbi e scrivi 'galactosidase', o ci sono strumenti più efficaci).
Una volta ottenuto questo subset, puoi allineare i genomi dei due ceppi contro queste sequenze, e vedere se vi sono differenze importanti tra i due allineamenti (per esempio, il ceppo galactosidase- si allinea con un gene in meno rispetto a galactosidase+).
Tutto questo presumendo che tu possa sequenziare facilmente i genomi dei due batteri. Altrimenti, la procedura cambia, ma in fin dei conti i calcoli da eseguire sono sempre gli stessi.
Per questo ti ho chiesto di spiegare come risolveresti il problema - solo tu sai chi te lo ha posto, che strumenti hai a disposizione, etc.
In ogni caso, ricorda che per qualsiasi risultato tu ottenga dovresti pensare anche a quali controlli inserire.
Per esempio, potresti investigare ulteriormente sul gene trovato e vedere se veramente é coinvolto nella sintesi di galactosidase, o provare a mutagenizzarlo nell'altro ceppo, et. |
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