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 Problemi con la quantificazione di bande in ImageJ
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iac
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Inserito il - 24 luglio 2011 : 11:51:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di iac Invia a iac un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve.non voglio fare pubblicità, ma il programma imagejSecondo le vostre conoscenze, può fare una quantizzazione delle bande di DNA calcolando parametri differenti da quelli che il programma propone!A me interesserebbe fare calcolare al programma "la densità delle bande espressa in pixel di ciascuna banda di DNA".Se mai qualcuno è in grado di fare questa quantizzazione è pregato di spiegarmelo.Io non sono capace. Grazie

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 24 luglio 2011 : 12:12:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
La bellezza di ImageJ è che è free and opensource*, quindi gli puoi far fare tutto quello che vuoi (anche se a volte necessita programmare un po' in Java ).

Nel tuo caso la cosa è già possibile senza fare cose aggiuntive:

1) seleziona l'area della banda
2) nel menu Analyze->Set Measurement clicca su Area (e tutte le altre misure che vuoi fare)
3) sempre nel menu Analyze scegli Measure (o usa lo shortcut CTRL+M)

Il punto 2 basta farlo per la prima banda, per le successive fai solo 1 e 3

===

Ciò detto non sono proprio sicuro della validità di questo tipo di misura, perchè non è difficile immaginare la situazione in cui hai due bande di simile dimensione ma diversa intensità...

* e quindi non vedo che male ci sia a fare pubblicità, anzi siamo assolutamente favorevoli a "convertire" il massimo numero di persone ad utilizzare software FLOSS.

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chiccae
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7 Messaggi

Inserito il - 24 luglio 2011 : 14:32:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chiccae Invia a chiccae un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao iac, io il programma image tool lo uso quotidianamente nel mio lab proprio per calcolare la densità delle bande del dna.
Questi sono i passaggi che compio:

-apro la foto dell'elettroforesi che mi interessa in bianco e nero
-seleziono object analysis- find objects-manual threshold
-selezionare frammento di interesse e marker
-premere ok- cliccare sugli oggetti selezionati-done
-analysis-object analysis-analize
-window-results
- trasportare in excel i valori premendo edit- copy result
- eliminare le righe mean e std.dev
-eliminare tutte le colonne tranne object e int dens
-aggiungere colonna id e quant
-assegnare la corretta quantità al marker in ng
- calcolare per proporzionalità diretta la qtà dei prodotti ignoti basandosi sulla densità integrata del marker e dei prodotti stessi(quantità campione = densità integrata campione/densità integrata marker*quantità marker
Questisono i passaggi in maniera riassunta, spero che riesci a capirli.
ciao e buon lavoro
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iac
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49 Messaggi

Inserito il - 24 luglio 2011 : 15:36:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di iac Invia a iac un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie chiccae.se non riesco ad ottenere ciò che voglio ti posso chiedere aiuto?
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iac
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49 Messaggi

Inserito il - 24 luglio 2011 : 16:38:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di iac Invia a iac un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
per chiccae.scusa la mia domanda sciocca, mi potresti dire il link da cui downlodare il pragramma image tool?grazie
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iac
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49 Messaggi

Inserito il - 24 luglio 2011 : 18:31:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di iac Invia a iac un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
per cick80 ilprogramma imageJ non mi è uttile perchè sul set mesure che ho allegato non c'è la possibilità di fare calcolare al programma la densità delle bande.se tu conosci qualche modo per ovvioare al problema, sono lieto di testarlo.grazie.Sarò sempre disponibile



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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 24 luglio 2011 : 18:41:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Come no? Io pensavo che tu facessi quello e che invece volessi contare i pixel... comunque il gray value è l'intensità dei pixel...

Qui avevo spiegato come fare passo passo:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=12676

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iac
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49 Messaggi

Inserito il - 24 luglio 2011 : 18:48:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di iac Invia a iac un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Se viuolessi selezionare due o più bande , come posso fare ciò?grazie per la pasienza
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 24 luglio 2011 : 19:00:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In che senso? Nel link che ho messo faccio vedere come analizzare più bande...

Comunque, qui trovi un tutorial proprio per gel di DNA:

http://panic.berkeley.edu/~ghe/GelDoc/UsingImageJ/UsingImageJ.pdf

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iac
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49 Messaggi

Inserito il - 24 luglio 2011 : 19:10:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di iac Invia a iac un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
se nel gel boisogna calcolare solo alcune bande di DNA , quindi, no altre. inutile è calcolare la densità di una linea intera.Come si selezionano un numero imprecisato di bande, COMUNQUE GRAZIE PER AVERMI DATO IL LINK DEL MANUALE.CIAO
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 24 luglio 2011 : 19:13:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Puoi sempre selezionare tutto e poi prendere solo quello che ti interessa! :)

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iac
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49 Messaggi

Inserito il - 24 luglio 2011 : 19:25:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di iac Invia a iac un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grandioso
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chiccae
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7 Messaggi

Inserito il - 25 luglio 2011 : 07:50:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chiccae Invia a chiccae un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per iac:
per selezionare solo le bande di tuo interesse prima nel riquadro selezioni tutta la riga compreso il marker, premi ok e poi ti esce il cursore a forma di pennellino a spruzzo e tu clicchi sopra alle bande di tuo interesse. Premi di nuovo ok e ti dira che avrai selezionato n numero di oggetti.
Il link di image tool non lo conosco perchè me l'hanno scaricato sul pc del lavoro e quello che ho trovato in internet non è la versione che uso io
ciao
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