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Ika
Nuovo Arrivato
Prov.: Isernia
Città: Carovilli
9 Messaggi |
 Inserito il - 27 marzo 2009 : 14:28:06
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Ciao!
Sono nuova di questo forum..ed è da poco che i trovo a lavorare con i programmi bioinformatici!
C'è qcn che conosce un programma che permette di visualizzare i network di interazioni tra proteine?
In particolare io sarei interessata a NUP98 e NUP214, entrambe appartenenti alla famiglia delle nucleoporine.
Grazie a tutti! Ciao!!! 
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 27 marzo 2009 : 14:31:43
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Vuoi un programma che ti permetta di predirre delle interazioni proteiche, o solo cercare in quelle giá annotate?
Nel secondo caso, potresti provare string:
- http://string.embl.de/
o forse, anche guardare quello che é annotato su wikigenes:
- http://www.wikigenes.org/e/gene/e/4928.html
(si tratta di interazioni estratte automaticamente da articoli scientifici... poterbbe funzionare in maniera un poco strana) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Ika
Nuovo Arrivato
Prov.: Isernia
Città: Carovilli
9 Messaggi |
Inserito il - 30 marzo 2009 : 17:52:17
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Grazie tante!!
Per ora mi serve sapere solo le interazioni note...ho guardato il primo sito che mi hai consigliato per ora e l'ho trovato molto utile!Anche se ci devo studiare un pochino...sai se è possibile individuare le proteine di fusione con questo sito? Per ora non ci sono riuscita....
Grazie 1000! |
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byo_gio
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
66 Messaggi |
Inserito il - 02 aprile 2009 : 05:28:48
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io stavo provandoci con Cytoscape
http://www.cytoscape.org/
ma non mi sembra poi cosi' intuitivo e semplice... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 02 aprile 2009 : 17:18:56
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Cytoscape serve per visualizzare network di geni... ma non so se é anche integrato con qualche predittore.
Cosa vuoi fare esattamente? Forse sarebbe il caso di aprire un topic a parte. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
62 Messaggi |
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