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piera
Nuovo Arrivato

1 Messaggi

Inserito il - 15 aprile 2006 : 13:23:54

Ciao a tutti,

sto facendo un'analisi filogentica sul gene atrofina.
Poich� le sequenze sono molto simili, gli alberi che mi vengono fuori non sono il massimo per� ci si pu� accontentare...rimangono delle domande che mi affliggono e che alle quali spero qualcuno possa rispondere:

1)Perch� gli alberi costruiti con il metodo UPGMA sono di gran lunga migliori di quelli costruti con il metodo NJ? Non dovrebbe essere il contrario?
2)Se faccio un'analisi bootstrap, l'albero consensus mi dice (in ogni analisi che ho fatto) che l'albero predetto con UPGMA � dovuto essenzialmente al caso...ma perch�???
3)Se come modello di sostituzione uso F84, poi per costruire l'albero devo usare il programma FITCH o NEIGHBOR?
4)Perch� con la massima verosomiglianza gli alberi fanno schifo????

Grazie a tutti!!

Piera

carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Citt�: roma

40 Messaggi

Inserito il - 16 aprile 2006 : 10:02:06

Ciao Piera

Potrei avere la sequenze che hai adoperato ed indicazioni sui relativi programmai usati? (hai usato phylip o paup)?

Saluti