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genoveffa
Nuovo Arrivato
Prov.: Avellino
25 Messaggi |
 Inserito il - 13 giugno 2006 : 18:26:46
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ciao a tutti,
volevo chiedere se qualcuno può darmi delle delucidazioni su questi pargomenti:
genscan
shotgun
stretcher
grazie mille
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2006 : 10:54:35
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ehila'!
Tra questi l'unico che mi suona strano e' shotgun: e' il nome di una tecnica di sequenziamento, pero' non conosco nessun programma con questo nome.
genscan e' un programma per la predizione di geni in sequenze anonime. Tu prendi una seq. di un organismo (conosciuto o meno) e lo dai in pasto al programma: lui analizza siti di splicing, frame di lettura corretti, etc... e ti dice quali sono i possibili trascritti contenuti
stretcher e' un tool di allineamento globale contenuto nel pacchetto EMBOSS, una suite di programmi bioinformatici dell'ebi. dovrebbe essere un ottimizzazione dell'algoritmo di Needleman-Wunsch, ma non so bene quali siano le differenze. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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genoveffa
Nuovo Arrivato
Prov.: Avellino
25 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2006 : 15:10:59
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ti ringrazio sempre per la tua disponibilità e cortesia.
potresti approfondire il discorso pacchetto emboss.
grazie mille
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2006 : 16:02:41
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allora, emboss e' un pacchetto di tools bioinformatici messo a disposizione dell'istituto di bioinformatica europeo ebi: sarebbe il successore di GCG, un altro pacchetto simile.
In pratica si tratta di una suite di piccoli programmi che girano in ambiente Unix (anche se credo che ci sia qualche sistema per usarli anche su Win), e che servono per scaricare sequenze, interrogare i database, fare allineamenti, effettuare analisi piu' o meno generali su sequenze di DNA o di proteine, da linea di comando.
Come molti progetti simili lo puoi trovare su SorceForge (http://emboss.sf.net/); se invece al momento non hai una macchina Unix a disposizione (Mac o Linux), puoi provare una delle interfacce web in cgi su Internet, tipo questa: http://sbcr.bii.a-star.edu.sg/emboss/ (sono i programmi nel menu' a fianco). |
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