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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
 Inserito il - 04 aprile 2008 : 19:50:51
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ciao a tutti, ho questo problema: vorrei calcolare la distorsione indotta da una prolina in un'alfa elica.
- e' sufficiente calcolare il diedro N-Calfa-C-N successivo?
- oppure occorre calcolare l'asse dell'alfa elica "prima" e "dopo" (ma non ho trovato alcun programma che lo faccia) e calcolare l'angolo?
help...
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
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1303 Messaggi |
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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
Inserito il - 05 aprile 2008 : 19:47:56
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| Scusami, non mi sono spiegata benissimo. A me interessa proprio sapere di quale angolo, in gradi, si distorce l'elica successiva alla prolina rispetto alla precedente: quale valore è il più indicativo in questo senso? L'angolo phi della prolina? L'angolo psi? Oppure c'è un modo per calcolare gli assi delle due eliche e l'angolo tra loro? Il Ramachandran mi dà ovviamente il phi e il psi per quel residuo specifico, ma quale valore indica esattamente la distorsione dell'elica? |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 06 aprile 2008 : 10:19:51
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mumble... mumble...
io non andrei a calcolare un angolo definito a specifici legami molecolari, io farei cosi: andrei a calcolarmi il centro di massa della porzione di elica prima della prolina, il centro della porzione post-prolina, e misurerei l'angolo formato tra i centri e la prolina stessa (o, ancor meglio, il centro di massa dell'intorno della prolina). Puo' essere un'idea ragionevole?
Per fare questo dovresti aggiungere alla tua struttura PDB quelli che vengono chiamati pseudo-atomi. Gli pseudo-atomi non sono atomi veri e propri, piuttosto degli oggetti che servono come punti di riferimento (hanno coordinate spaziali specifiche, relativamente alla struttura della tua proteina).
In PyMol e' semplice creare pseudo-atomi che puntino al centro di massa di una selezione, basta usare il comando:
pseudoatom nome_pseudo, selezione
vedi anche http://www.pymolwiki.org/index.php/Pseudoatom
Ovviamente se devi calcolare un diedro avrai bisogno di 4 punti, quindi dovrai creare 4 pseudo-atomi |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
Inserito il - 06 aprile 2008 : 19:57:36
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Ti ringrazio, non sono riuscita con pymol perche' include quella funzione solo nella versione 1.0 per i subscribers ma ho fatto un programmino che calcola i centri di massa, e sono riuscita a calcolare un angolo sensato.
Ora pero' ho un altro problema! Devo introdurre questo angolo nel mio modello,
Qualcuno di voi usa Haddock?
Qualcuno sa in che formato si deve scrivere il file dei dihedral angle restraints? (manuali, mailing list... niente!!! e' urgentissimo...)
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 07 aprile 2008 : 12:02:48
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Citazione:
Ti ringrazio, non sono riuscita con pymol perche' include quella funzione solo nella versione 1.0 per i subscribers ma ho fatto un programmino che calcola i centri di massa, e sono riuscita a calcolare un angolo sensato.
Forse mi sbaglio, ma se scarichi da svn e compili puoi avere l'ultima versione gratis. E' spiegato anche sul sito di pymol. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Bely
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
Inserito il - 07 aprile 2008 : 14:51:16
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Controllo, perche' se davvero pymol mi fa selezionare una regione e mi crea automaticamente lo pseudoatomo mi risparmio di inserire a mano tutte le coordinate!
Grazie!  |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 07 aprile 2008 : 15:43:43
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| Se usi Ubuntu, Pymol 1.0 è già pacchettizzato nei repository e pronto all'uso (senza bisogno di compilare form o registrarsi) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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