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Autore Discussione  

Cangrande
Utente Junior

Cangrande Della Scala
Prov.: Verona


280 Messaggi
Inserito il - 30 novembre 2007 : 13:44:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Cangrande Invia a Cangrande un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Volevo sapere se qlk più esperto di me in bioinformatica conosce tools per l'analisi delle sequenze promotrici. A me interesserebbero analizzare quelle di organismi eucarioti. un grazie anticipato per chiunque potrà aiutarmi.
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala.

darkene
Utente Junior

occhi



291 Messaggi
Inserito il - 30 novembre 2007 : 14:11:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di darkene Invia a darkene un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
un buon sito è www.genomatix.de
sarebbe a pagamento ma se ti iscrivi ti permette di fare un tot di analisi gratis al mese.
ci sono vari tools quali predizione di sequenze promotrici, predizione di siti di legame per fattori trascrizionali, ecc.
io l'ho usato per la tesi e ne ho ricavato molte info utili.

per trovarne altri cerca "promoter analysis tool" in google.
devi testarli e magari confrontare i risultati tra i vari software
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 30 novembre 2007 : 15:48:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Dipende anche da quello che vuoi analizzare della sequenza promotrice. Vuoi cercare motivi conservati? o appuntare qualche tua osservazione su posizioni particolari? O vuoi allinearla con altre sequenze?
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Cangrande
Utente Junior

Cangrande Della Scala

Prov.: Verona


280 Messaggi
Inserito il - 06 dicembre 2007 : 17:06:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Cangrande Invia a Cangrande un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Devo trovare più informazioni possibili per poi poter confrontare tra loro diversi promotori.
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala.
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Cangrande
Utente Junior

Cangrande Della Scala

Prov.: Verona


280 Messaggi
Inserito il - 30 maggio 2008 : 17:52:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Cangrande Invia a Cangrande un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
X Darkene: come faresti a confrontare i risultati di tools diversi?
Sappiamo che usano algoritmi diversi e che sono diverse anche la banche dati su cui possono lavorare...
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala.
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 30 maggio 2008 : 22:36:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Forse puoi dare un'occhiata a Vista:
- http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml

Me ne hanno parlato bene ma non ho mai capito bene come usarlo.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Cangrande
Utente Junior

Cangrande Della Scala

Prov.: Verona


280 Messaggi
Inserito il - 02 giugno 2008 : 10:22:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Cangrande Invia a Cangrande un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Preciso come sempre. Grazie
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala.
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