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Wee184
Nuovo Arrivato
Prov.: Siena
Città: Siena
8 Messaggi |
 Inserito il - 03 aprile 2008 : 16:57:35
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Qualcuno conosce un ottimo database per i promotori di geni umani che possa effettuare un'analisi blast di piccole sequenze???
Grazie per l'aiuto.
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Wee1... oh yes!!
WEE.. WHAT??? |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 04 aprile 2008 : 11:59:24
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Se ho capito bene tu vuoi le sequenze promotrici di tutti i geni umani?
Dipende un poco da cosa intendi per 'promotore' e che grado di annotazione ti vada bene.
Ho visto che alcune persone ottengono le sequenze promotrici semplicemente prendendo 500 o più nucleotidi a monte del punto di inizio della trascrizione, e questo é il metodo più semplice, anche se non so quanto vada bene per Homo sapiens.
Altrimenti, nota che definire esattamente qual é il punto di inizio della sequenza promotrice di un gene é tutt'altro che un compito semplice.. ci vogliono delle evidenze sperimentali, che sono possibili solo con tecnologie ad high-troughtput, e non so quanto vi sia per l'uomo.
In ogni caso, credo ti possa andare bene collegarti su Ensembl-BioMart (http://www.ensembl.org/biomart/martview//f632d9940dafa11e2bb601689ef4297c) e selezionare Ensembl Genes, Homo sapiens, e poi su 'Attributes', Sequences, e attivi 'Flank-coding region (Gene)' assieme ad 'Upstream sequence'. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 06 aprile 2008 : 18:25:47
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| Tu per "blast di piccole sequenze" intendi ricercare sequenze dove possono legarsi fattori di trascrizione? |
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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Wee184
Nuovo Arrivato
Prov.: Siena
Città: Siena
8 Messaggi |
Inserito il - 08 aprile 2008 : 09:01:19
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| in realtà intendo cercare piccole sequenze complementari ad un microRNA specifico proprio sulla regione promotrice di geni(penso 700-1000 bp upstream); quali geni presentino tale caratteristica è proprio quello che voglio cercare... |
Wee1... oh yes!!
WEE.. WHAT??? |
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Cangrande
Utente Junior
Prov.: Verona
280 Messaggi |
Inserito il - 12 aprile 2008 : 15:36:34
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| Ehm...ho capito la tua richiesta ma non lavorando sull'uomo ho difficoltà a darti il link senza una ricerca. Se ho capito a te basterebbe un programmino che facesse il blast nelle regioni intrageniche. Corretto? |
Magnifico atque victoriosissimo Domino, Domino Kani Grandi de la Scala. |
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