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Bely
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38 Messaggi
Inserito il - 20 gennaio 2009 : 12:42:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Bely Invia a Bely un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti,
qualcuno conosce per caso il link ad un server in grado di predire le acque all'interfaccia ad es. tra 2 subunita' proteiche?
grazie mille!!!

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 20 gennaio 2009 : 14:07:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cosa intenti?
La superficie accessibile all'acqua?
Non puoi prederre la posizione di molecole d'acqua intorno alla tua struttura, perche' l'acqua e' un liquido e quindi avrebbe poco senso.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Bely
Nuovo Arrivato



38 Messaggi
Inserito il - 20 gennaio 2009 : 14:15:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Bely Invia a Bely un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
la posizione ovviamente no, dicevo piu' o meno il numero di acque all'interfaccia tra due subunita'

(secondo me sarebbe mooolto piu' sensato mettere tutto in una box ed equilibrare con un po' di dinamica tenendo fissa la proteina, ma ad ordini superiori bisogna obbedire...)
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 20 gennaio 2009 : 14:31:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Hai ragione ho detto io una sciocchezza :).
Penso che ci siano vari programmi per calcolare quello che chiedi: io ero rimasto a gromacs:
- http://www.gromacs.org/documentation/reference/online/water.html

Passo la parola ai biochimici strutturali che ne sapranno piu' di me..
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Bely
Nuovo Arrivato



38 Messaggi
Inserito il - 20 gennaio 2009 : 15:06:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Bely Invia a Bely un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ma sbaglio o nel link che mi hai mandato il concetto e' sempre quello di fare comunque una dinamica? (che poi come dicevo sarebbe la cosa piu' corretta da fare secondo me...)
qui il discorso era di cercarle proprio con un metodo predittivo sulla base dei residui di interfaccia...
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Bely
Nuovo Arrivato



38 Messaggi
Inserito il - 30 gennaio 2009 : 12:03:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Bely Invia a Bely un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi ero dimenticata di aggiornare, se a qualcuno dovesse interessare l'oggetto ho trovato questo

http://hekto.med.unc.edu:8080/HERMANS/software/DOWSER/

che piu' o meno era quello che intendevo. Altri suggerimenti sono sempre ben accetti ;)
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