| Autore |
Discussione |
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
 Inserito il - 04 dicembre 2008 : 10:17:27
|
Sto cercando di usare Pubmed eUtils, ma ho la vaga impressione che mi stia prendendo in giro...
C'è qualcuno che ha esperienza nell'usarlo? Non vi sto a spiegare ora tutta la faccenda perchè è un po' lunga e sono un po' di fretta, ma se qualcuno ha esperienza di come usarlo (soprattutto tramite PHP) sarò felicissimo di entrare nei dettagli.
|
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 04 dicembre 2008 : 10:17:27
|
non potresti spiegare meglio cosa vuoi fare?
E' un bel po' che non le uso, ma mi ricordo che c'era da studiare un poco.
Un buon modo di imparare le EUtils, secondo me, e' quello di usare taverna:
- http://taverna.sf.net
Lanciando il programma avrai gia' a disposizione i processori relativi ad ogni servizio di EUtils; con taverna, ti sara' piu' facile capire come funziona ognuno e come vanno integrati assieme.
Puoi anche guardare su http://www.myexperiment.org e cercare se vi e' qualche workflow gia' pubblicato, a cui ispirarti. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
 |
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 04 dicembre 2008 : 23:04:39
|
Penso di non avere più quel workflow, ma posso ritrovarlo.
Domani però sarò di viaggio e non credo di poterlo fare prima di lunedi sera/martedi.
p.s. mamma mia come scrivevo male in inglese!! :) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 05 dicembre 2008 : 07:17:18
|
Beh, almeno mal comune mezzo gaudio....
Continuo a lavorarci e se trovo una soluzione ti faccio sapere
ciao e grazie
 |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 06 dicembre 2008 : 10:28:53
|
Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Ho risolto... non so come e perchè ma ho risolto.
In pratica ho scritto lo script come su questa pagina: http://hublog.hubmed.org/archives/001763.html e funziona.
Non che il mio codice fosse molto diverso, usavo fopen invece di file_get_contents ma dovrebbe essere lo stesso... boh, misteri dell'informatica, comunque funziona!
Ah bene, tra l'altro l'autore di quel sito e' un grande! |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
|
dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 09 dicembre 2008 : 16:20:53
|
In teoria, c'e' da dire che l'ultima moda e' quella di utilizzare le eUtils tramite un protocollo chiamato SOAP, che dovrebbe essere lo standard di comunicazione tra tutti i servizi bioinformatici.
Non so quanto le eUtils classiche siano supportate. E' probabile che in futuro vicino vengano deprecate e abbandonate in favore di questo protocollo.
- SOAP in NCBI
- SOAP module for php
- SOAP - wikipedia |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 09 dicembre 2008 : 18:02:56
|
Grazie della dritta. Magari in seguito potrei passare il tutto in SOAP. Per ora funziona tutto alla perfezione quindi non lo tocco...  |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
| |
Discussione |
|
Guide tools online
