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data
Nuovo Arrivato

Prov.: Torino
Citt�: Torino

89 Messaggi

Inserito il - 08 febbraio 2006 : 18:02:41

A prescindere dalle fettine qui continuano ad usarmi, quando mi resta del tempo, come bioinformatica a tempo perso. L'ultima idea venuta fuori riguarda l'ottenere informazioni circa quante volte un dato gene � citato (tramite uno dei suoi vari alias) negli abstract di pubmed. Il fatto � che dovrei farlo sistematicamente per un gran numero di geni (di cui ho una serie di identificativi [entrez_gene, unigene cluster, ecc.], scaricarsi tutti i vari nomi non dovrebbe essere tremendo).
Posto che mi pareva che pubmed fosse scaricabile (tipo tutti gli abstract) ma non ritrovo il punto giusto...mi chiedevo se esistesse un modo di farlo interrogando il loro db da remoto...da qualche parte loro le info le hanno: tra i link-out dei singoli geni c'� "pubmed" che punta agli articoli relativi (ho fatto qualche prova, direi che non li becca tutti e non ho ben capito in base a che parametro)...potrei anche pensare di mettere su un aggeggino che si scarica sistematicamente quelle pagine web, ma magari esiste un metodo pi� intelligente/rapido e meno tcp-ip consuming. Che dite?

Ciau,
E.

http://www.medito.eu.org/vodka/odierno

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 09 febbraio 2006 : 14:39:33

ciao!
Con che linguaggio intendi farlo? Perl?
Secondo me non ti conviene scaricarti il database in locale, perche' puoi fare tutto anche da remoto. Prova ad esempio a seguire qui: http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/efetchlit_help.html o qui:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/esearch_help.html

In pratica ti basta costruire un url seguendo la doc. che c'e' su pubmed, e per quello che hai chiesto dovrebbe essere qualcosa tipo: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=Details&DB=pubmed&term=$NOME_GENE[Title/Abstract]
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=igh[title/abstract] (questo ti ricava tutti gli id degli articoli che ti interessano)
Se vuoi elaborare meglio i tuoi risultati poi dovresti indicare anche un formato di output particolare, tipo xml o plain/text.
Bella domanda, cmq!

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

data
Nuovo Arrivato

Prov.: Torino
Citt�: Torino

89 Messaggi

Inserito il - 09 febbraio 2006 : 14:44:45

Ciau e grazie della risposta (cmq si`, io finisco per programmare sempre in perl e basta...resto tristemente lontana dai seri linguaggi compilati),

dopo una utile mattina a cercare di scaricare pubmed e a scrivere uno scriptino che si costruisce i link di linkout (come suggerisci tu) e conta gli articoli ho scoperto che esiste un bellissimo file nell'ftp dell'entrez gene (gene2pubmed) che ha i link diretti tra entrez gene id e pmid. Comodo comodo, ora devo solo scoprire come l'hanno ottenuto.