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sallusti10
Nuovo Arrivato
27 Messaggi |
 Inserito il - 03 febbraio 2009 : 11:00:00
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Ciao.
Dovrei scrivere un programma in python che si colleghi ad sito, nel mio caso genome browser e riesca a fare delle query.
Qualcuno di voi mi sa dire come potrei iniziare? cioe' come stabilere la connessione tra python e il sito e poi come riuscire a mandargli delle query?
Grazie per le eventuali risposte
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chick80
Moderatore
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11491 Messaggi |
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sallusti10
Nuovo Arrivato
27 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2009 : 11:34:19
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Ciao! grazie per la tua risposta ma penso che questa non vada bene. A me interesa sapere come poter mandare delle query ad un database on line.
Grazie |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2009 : 12:18:38
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Beh, cURL serve proprio a quello...
Cito dal loro sito:
curl is a command line tool for transferring files with URL syntax, supporting FTP, FTPS, HTTP, HTTPS, SCP, SFTP, TFTP, TELNET, DICT, LDAP, LDAPS and FILE. curl supports SSL certificates, HTTP POST, HTTP PUT, FTP uploading, HTTP form based upload, proxies, cookies, user+password authentication (Basic, Digest, NTLM, Negotiate, kerberos...), file transfer resume, proxy tunneling and a busload of other useful tricks. |
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 04 febbraio 2009 : 00:56:45
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Attualmente la maniera più 'standard' di interrogare database bioinformatici online é tramite un protocollo chiamato soap:
- http://www.diveintopython.org/soap_web_services/
Purtroppo però, però usare questo sistema hai bisogno di un file .wsdc fornito dai gestori del sito stesso, e mi sembra che ucsc non fornisca ancora niente del genere.
Una alternativa che mi viene in mente, per ora, é di scaricarsi tutto il database ucsc in locale (http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/hgTracksHelp.html#Download) e di eseguire le queries sul tuo computer direttamente.. non é esattamente la soluzione più comoda, ma se hai molte query da eseguire ti potrebbe anche permettere di risparmiare del tempo. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 04 febbraio 2009 : 01:57:28
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Citazione:
Attualmente la maniera più 'standard' di interrogare database bioinformatici online é tramite un protocollo chiamato soap
Se utilizzano un webservice basato su SOAP, il che non è sempre la cosa giusta da fare...
SOAP ha i suoi vantaggi e i suoi svantaggi (vedi ad es. http://www.artima.com/webservices/articles/whysoap.html ) e spesso avere una servlet che ti permette una chiamata via POST con fsockopen (in PHP, non so l'equivalente in Python sorry) è una soluzione molto più snella, togliendo il layer di incapsulazione spesso non necessario di SOAP.
Ribadisco, dipende dalla situazione e dipende da come è disegnato il webservice, difficile generalizzare. |
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dallolio_gm
Moderatore
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2445 Messaggi |
Inserito il - 04 febbraio 2009 : 10:27:29
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Mi sono ricordato che galaxy, un tool web per gestire analisi bioinformatiche, e' in grado di interrogare ucsc e di integrare le query su di esso molto efficacemente.
- http://galaxy.psu.edu/
Hai due possibili alternative:
- usare galaxy, la versione web o installandone una copia in locale, e automatizzare le tue query in questo modo;
- dare una occhiata al codice di galaxy, che e' scritto in python, sapendo che da qualche parte vi e' una funzione dove interroga il database di ucsc. |
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Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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