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Alberto_betto
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 02 settembre 2017 : 13:05:23

Ciao a tutti. Avrei bisogno del vostro aiuto.
Tra poco avrò l'esame di genomica funzionale e una domanda che spesso esce è quella di descrivere un metodo per sequenziare un genoma complesso di mammifero, ricco di sequenze ripetute. Oltre allo shotgun gerarchico, per sequenziare poi quale potrebbe essere la piattaforma o il metodo migliore? 454, solid, smrt, illumina...?

ferdinando_ventre1993
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 06 settembre 2017 : 22:24:04

tra quelle che hai detto conosco molto bene la roche 454 e l'illumina solexa, tuttavia non sò quale sia la piu accurata , se pensi che con la roche 454 hanno sequenziato il genoma dell'uomo neanderthal, io penso comunque che forse l'illumi potrebbe essere più accurata perchè il 454 della roche è ormai antiquato rissale infatti al 2005 la messa sul mercato e permette di ottenere delle reads di 500 nucleotidi dovresti vedere quale lunghezza delle reads e con quale coverage riesci ottenere il sequencing, ti allego un link con le strategie di sequenncing e informazioni sull' illumina che potrebbero tornarti utili
https://www.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/documents/products/illumina_sequencing_introduction.pdf

Alberto_betto
Nuovo Arrivato

11 Messaggi

Inserito il - 14 settembre 2017 : 12:03:31

Avrei un'altra domanda. Il whole genome shotgun e quello gerarchico c'entrano qualcosa con le tecniche di next generation sequencing?