Quanto è utile/interessante questa discussione:
| Autore |
Discussione |
|
|
bl187
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
 Inserito il - 29 agosto 2012 : 23:38:59
|
Ciao a tutti.
Qual è lo strumento bioinformatico mediante il quale io posso sapere dove precisamente il mio siRNA si appaia sul messaggero?
NB: Io conosco la target sequence del siRNA e, ovviamente, il mio mRNA.
Grazie mille
|
|
|
|
|
kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
 Inserito il - 30 agosto 2012 : 09:29:31
|
| non so se esistono tool di predizione per i siRNA, però potresti usare uno dei tanti tool di miRNA target prediction alterando opportunamente i parametri (miRanda, TargetScan, RNAHybrid giusto per citarne alcuni). In questo caso dovresti scaricarti il programma e farlo girare in locale invece di usare i servizi web disponibili, in quanto non devi predire i target su una libreria genomica, il tuo messaggero ce l'hai già. Solitamente ti verrà chiesto di produrre in input due file fasta delle sequenze del seed e del messaggero. In output viene prodotto un file di testo con i siti già rankati, ogni programma ha un suo metodo per attribuire il punteggio basato su presupposti differenti (termodinamica, complementarietà, statistica, ...). Se poi della tua sequenza sai già dove mappano le UTR sei a buon punto. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
 |
|
|
kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
|
|
bl187
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
 Inserito il - 30 agosto 2012 : 11:48:58
|
Grazie mille! Gentilissimo.
|
|
|
| |
Discussione |
|
|
|
Quanto è utile/interessante questa discussione:
| MolecularLab.it |
© 2003-18 MolecularLab.it |
|
|
|
Conosco la target sequence di un 
Guide tools online
