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bioale
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
 Inserito il - 23 settembre 2009 : 12:36:14
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Ciao a tutti, complimenti per il bel forum e per la passione che mettete nel tenere aggiornato questo sito con un sacco di roba. Sono davvero impressionato!
Una doverosa premessa: so che questo argomento (o meglio richiesta d'aiuto) che voglio proporvi non è in linea con i temi trattati nel forum, ma la mia situazione un po' disperata mi spinge a tentarle tutte. Comunque capirei benissimo se cassaste la discussione che ho aperto.
Detto questo vengo alla mia domanda... In circa sette giorni (studiando da mattina a sera) devo preparare l'esame di Laboratorio di Bioinformatica per il corso della facoltà di Biologia della Statale di Milano, con la dott.ssa Gissi. Devo farlo assolutamente perchè sennò mi incasino molto molto con le varie scadenze per l'accesso alla magistrale, nel senso che rischio seriamente di perderla.
Il mio problema sta nella necessità di accedere a materiale per imparare rapidamente le nozioni che mi servono (in coda inserisco il programma del corso) senza dovermi perdere a cercare di capire appunti strani. Ho già visto che è possibile studiare anche sul libro di Valli e Pesole (e un'opinione sul libro sarebbe ottima, lo vado a prendere oggi se mi dite che può andare bene), ho le presentazioni ppoint delle lezioni e delle esercitazioni (che sono a dire il vero stringate) e ovviamente sto setacciando un po' la rete in cerca di materiale, anche se per ora con scarsa fortuna.
Quello che chiederei a voi è di darmi una mano con tutti i link utili che vi vengono in mente, anche in inglese, o suggerendo articoli e testi che posso reperire in giro. Se poi ci fosse qualcuno che ha fatto l'esame con la dott.ssa Gissi e mi riesce a dare due dritte su come si svolge l'esame stesso, e sugli argomenti da tenere in maggior considerazione gliene sarei grato a vita.
Vi ringrazio per aver letto fino a qui.
Alessandro
ah, ecco il programma d'esame:
Analisi e confronto di cromatogrammi di sequenze di acidi nucleici. Determinazione della sequenza consensus.
Le principali banche dati biologiche: Genbank/EMBL e SwissProt. Sistemi di interrogazione ed estrazione dei dati: Entrez e SRS. Il formato delle sequenze.
Ricerca di similarità nelle banche dati: i programmi BLAST e FASTA. Ricerca di geni omologhi in nuovi genomi. Multiallineamento delle biosequenze.
Utilizzo delle banche dati genomiche per la ricerca di geni noti: utilizzo del Genome Browser dell’UCSC e di Ensembl. Estrazione di sequenze dalle banche dati genomiche: il sistema EnsMart.
Analisi di sequenze genomiche per la ricerca di regioni codificanti: i programmi GenScan e GenomeScan.
Identificazione di isole CpG e sequenze ripetute.
Confronto tra sequenze genomiche e trascritti per la determinazione dell’organizzazione genica e la convalida delle predizioni.
Identificazione di geni non codificanti per proteine: rRNA, tRNA e altri RNA non codificanti. Predizione della struttura secondaria di RNA.
Analisi bioinformatica di sequenze proteiche.
Ricerca di domini funzionali: InterPro e SMART. Predizione di peptidi segnale. Ricerca di domini transmembrana. Predizione della struttura secondaria delle proteine.
Classificazione funzionale delle proteine attraverso la consultazione di banche dati metaboliche.
Il corso prevede una serie di esercitazioni pratiche in un’aula attrezzata con PC in rete. L’esame consisterà nella esecuzione di una analisi bioinformatica seguendo una traccia fornita dal Docente.
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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bioale
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 23 settembre 2009 : 23:51:31
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Crepi, e grazie per la segnalazione. Per ora sto studiandomi il libro (alla fine l'ho preso) e dopo 5 ore a leggere ci capisco meno di prima.  Ma confido che le cose migliorino prima di notte. E adesso una full immersion su questo sito, su quello che mi hai consigliato tu e magari su quelli che consiglieranno altri...
Devo però dire una cosa: noto una certa discrepanza tra il programma d'esame e i lucidi che ho a disposizione. Spero di non essermi perso qualcosa! Vediamo un po' che ne viene fuori. |
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miri6
Nuovo Arrivato
Città: Milano
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bioale
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 24 settembre 2009 : 18:09:31
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No, non ho provato. Ma non mi sembra un sito molto frequentato... Peccato perchè sarebbe molto utile per gli studenti.
Penso che l'esame con Pavesi sia diverso (=molto più facile) perchè da quel che mi hanno detto lui fa praticamente solo domande di pratica in laboratorio. La Gissi invece ha una bella parte di teoria.
Il problema è che non capisco benissimo dove vadano a parare le slides, sono da interpretare parecchio.
Mh, vediamo come va a finire ma la vedo molto grigia!  |
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miri6
Nuovo Arrivato
Città: Milano
12 Messaggi |
Inserito il - 24 settembre 2009 : 21:50:08
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Citazione:
Messaggio inserito da bioale
No, non ho provato. Ma non mi sembra un sito molto frequentato... Peccato perchè sarebbe molto utile per gli studenti.
Penso che l'esame con Pavesi sia diverso (=molto più facile) perchè da quel che mi hanno detto lui fa praticamente solo domande di pratica in laboratorio. La Gissi invece ha una bella parte di teoria.
Il problema è che non capisco benissimo dove vadano a parare le slides, sono da interpretare parecchio.
Mh, vediamo come va a finire ma la vedo molto grigia!
Non è molto frequentato, vero, però c'è sicuramente qualcuno che l'esame con la Gissi lo ha fatto:
http://www.studentistatale.it/forum/viewtopic.php?t=49118
;)
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bioale
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 25 settembre 2009 : 01:19:45
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oh, grazie! beh, è un buon inizio, direi!
non mi ero proprio accorto che ci fossero quelle domande... |
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