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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 03 ottobre 2008 : 14:38:27
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Vi faccio una proposta: apriamo un topic in cui raccogliere, in maniera caotica e poco ordinata, tutte le lamentazioni che ci vengono in mente sul funzionamento di programmi di bioinformatica.
Poteste scrivere quello che volete: da "Non capisco perche' i genome browser come ucsc sono cosi' brutti graficamente" a "Non capisco perche' la bioinformatica e' cosi' difficile", a "non capisco perche alcuni database su ncbi non supportino di default il metodo GET", e cosi' via.
Per favore non iniziate discussioni qui: ponete solo le osservazioni che vi vengono in mente, e se quello che dite e' interessante si puo' aprire un topic a parte per continuare il discorso.
La mia idea e' quella di raccogliere una buona quantita' di osservazioni come queste, e poi inviarle ai rispettivi gestori dei servizi web, affinche' li possano migliorare.
E' un modo semplice per ringraziare i gestori di questi servizi, per il fatto di averli messi a disposizione gratuitamente, e non a pagamento (immaginate se fosse necessario pagare una licenza per usare blast o il motore di ricerca per articoli pubmed).
Se non volete che le vostre osservazioni vengano inviate ai rispettivi responsabili, per qualsiasi ragione, per favore ditelo o mandatemi un pm.
Se volete che il vostro suggerimento sia particolarmente utile, cercate di aggiungere quanti piu' dettagli possibili, affinche' quello che dite sia verificabile: su che versione dell'interfaccia web avete verificato il problema, da quanto tempo, etc..
Ora basta parlare... iniziate con le critiche!! 
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2008 : 08:21:50
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Comincio io!!!
Programma: BioEdit
Homepage: http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
Descrizione: Editor di sequenze, presenta molti strumenti.
Critica: Credo che il problema di questo programma sia semplicemente che è "Free" e non "OpenSource". Mi spiego: Il programma è sviluppato da uno o pochi autori, che ovviamente non riescono a stare al passo con i tempi, difatti credo che il programma non sia più aggiornato da un po'...Inoltre funziona su pochi Sistemi Operativi, la maggior parte non più usati (l'unico che resiste è Win XP). Nel momento in cui Win Xp sparirà dai computer, BioEdit sparirà con esso. Se fosse donato il codice sorgente, i bioinformatici di tutto il mondo potrebbero aggiornarlo, integrare nuovi strumenti, renderlo multipiattaforma, e magari (perchè no) rendere la grafica più gradevole... |
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2008 : 11:33:19
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io sinceramente non capisco come tutti i tools bioinformatici, siano veramente, ma veramente brutti. Prob sono fatti con unix o winzoz, boh.
Come sia assurdamente complicato il database delle immunoglobuline tanto che praticamente tutti quelli che conosco, me compreso, preferiscano usare database "generici" e come sia stato possibile rendere meno immediato Blast rispetto a bei vecchi tempi.
Ah ed il viewer di PDB pare fatto con un 2.86 e il sito dell'invitrogen e' cosi' poco funzionale che uso il catalogo stampato.
ahhhhhh mi sento meglio.
p.s. i bioinfo di tutto il mondo dovrebbero fare un VectorNTI... |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 12 ottobre 2008 : 13:07:39
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Citazione:
Messaggio inserito da domi84
Programma: BioEdit
Concordo con Domi e aggiungo:
sul sito c'è la seguente Nota:
Citazione:
Note: There have been some requests to go back to version 5.0.9. If you would like to download the 5.0.9 installation, you can get it here.
Io sono rimasta alla versione 5.0.9 e a sto punto non la cambio!
Ma questo vuol dire che le altre le hanno peggiorate???
Concordo anche con AleXo!
Ma sopratutto, se si può parlare anche dei siti delle ditte:
Citazione:
Messaggio inserito da AleXo
... il sito dell'invitrogen e' cosi' poco funzionale che uso il catalogo stampato.
a parte che anche loro sono riusciti decisamente a peggiorarlo!!!
Trovare un prodotto anche se hai il codice è praticamente impossibile!
Ma a questo ce ne sarebbero un elenco da aggiungere, o meglio, forse si farebbe prima a dire quali sono funzionali!!! Io mi tengo stretti tutti i cataloghi cartacei! |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 16 ottobre 2008 : 11:57:06
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Bhè io invece dico che spesso i programmi di visualizzazione 3D delle molecole non sono molto intuitivi.
Mi ero trovato bene con MOE, più facile in
- selezione di molecole, subunità, catene, dintorni, residui, etc
- diverse visualizzazioni della selezione
- gestione di librerie (salvo qualche bug)
Ma assolutamente scarsa
- nell'import-export delle librerie e della struttura 3D dei ligandi in esse contenute
- nella meccanica molecolare
PyMOL non permette di fare meccanica o docking, ma ha una gestione piuttosto poco intuitiva nella selezione di parti della molecola PDB e nella sua successiva visualizzazione in uno stile piuttosto che un altro.. |
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BUONE REGOLE DEL FORUM:
- Prima di postare qualunque cosa leggere il Regolamento!
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 ottobre 2008 : 21:11:38
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Bene, inizio anche io a scrivere qualcosa (ne ho tantissime  ).
- non capisco perché entrez, il motore di ricerca di ncbi, si comporti diversamente quando esegui ricerche successive, rispetto alla creazione di link.
Per esempio, il database nucleotide utilizza il metodo GET per le ricerche.
Provate ad andare su http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez, selezionare 'nucleotide' nella casella a scomparsa, e a eseguire una ricerca.
Vi si aprirà una pagina con un url del tipo: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=nuccore&cmd=search&term=cox2 .
Se copiate questo url e lo passate a qualcun altro, questi potrà vedere immediatamente i risultati della ricerca.
Provate ora a cambiare il database di ricerca, per esempio protein. Il link che vi verrà ritornato sarà sempre e comunque http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez, che non sarà più incollabile ad altre persone. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 ottobre 2008 : 21:17:11
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sui genome browser brutti riprendo quello che ha detto AleXo, ovvero che molti programmi web sviluppati in bioinformatica sono brutti graficamente, e risalgono a tecnologie web ormai sorpassate da tempo.
Per esempio, non esiste un solo genome browser decente che sia scritto in AJAX, ovvero, come la webmail di gmail, in cui non c'é bisogno di ricaricare la pagina intera ogni volta che vi é un cambiamento. |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 16 ottobre 2008 : 21:52:58
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Io non capisco perchè non capisco la bioinformatica,
ma soprattutto perchè lei non ha pietà di me. |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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Anyra
Utente Junior
Prov.: Pesaro-Urbino
Città: Saltara
212 Messaggi |
Inserito il - 17 ottobre 2008 : 14:58:55
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Allora mi ci metto anche io:
Perchè, dico perchè Bioedit (il solo, l'unico, il maledetto) fa gli allineamenti come gli pare, e se poi usi l'allineamento multiplo a volte conviene accendere un cero a qualsivoglia Santo/Dio?
Perchè quando devi modificare una sequenza ha di default l'overwright invece dell'insert?
Perchè se tu devi lavorare alle sequenze per più di 1 ora lui decide che è ora di chiudere e andare a prendere un caffè?
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Il mio Cavaliere
http://s4.battleknight.it/index.php?loc=hire&ref=OTA3NTAw |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2008 : 16:16:20
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Non capisco perche' pubmed non indicizza in un campo a parte la sezione 'Materiali e metodi'.
Sarebbe molto piu' facile scoprire in quali esperimenti e' stato utilizzata una determinata tecnica o tool bioinformatico, perchè non sempre gli autori di un articolo si ricordano di mettere le referenze.. |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2008 : 17:18:10
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Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm
Non capisco perche' pubmed non indicizza in un campo a parte la sezione 'Materiali e metodi'.
Sarebbe molto piu' facile scoprire in quali esperimenti e' stato utilizzata una determinata tecnica o tool bioinformatico, perchè non sempre gli autori di un articolo si ricordano di mettere le referenze..
Vero questo...ho cercato per ore determinati metodi.... |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 31 ottobre 2008 : 18:06:35
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A mio parere il problema è chi scrive questi software poi non li utilizza pienamente... non so darmi altre ragioni.
E ora è tempo di una storia:
durante il mio dottorato ho fatto esperimenti di calcium imaging. Per salvare le immagini prese dal microscopio utilizzavo Metafluor, un programma commerciale che credo sia stato scritto da un gruppo di scimpanzè... Comunque sia, ad un certo punto ho cominciato anche a fare, contemporaneamente all'imaging, esperimenti di patch clamp. Per questi utilizzavo il software PClamp, altro software commerciale che tutto sommato non è male.
Entrambi i software sono prodotti dalla stessa ditta.
Ora, visto che a me interessava sincronizzare i due software, il venditore ci ha consigliato (mica scemo) di passare alle ultime versioni dei 2 software in quanto "possono comunicare fra di loro". Fico, dico io! Aggiorniamo i software ed in effetti potevano "comunicare" fra di loro... peccato che l'unica cosa che si potesse fare era far partire una registrazione in PClamp da Metafluor. Fine. Niente altro.
Ad es. entrambi i programmi ti permettono di marcare il momento in cui applichi un certo trattamento. Questo non era sincronizzabile, bisognava andare nel primo software, aprire una finestra, cliccare su un bottone poi andare nell'altro software e fare lo stesso... avendo come risultato che solo uno dei due marker era al tempo corretto...
E questa non era la sola cosa che mancasse, ma vi risparmio la lunga lista...
Mi dico: vabbè, è la prima versione in cui i 2 software possono comunicare, faranno presto qualche aggiornamento... o magari c'è qualche modo strano di farli comunicare e io non so come fare.
Fatto sta che dopo un mese dovevo andare ad una conferenza dove era presente la casa produttrice dei 2 software.
Vado, mi fiondo allo stand e comincio a spiegargli la situazione. Il primo tizio a cui chiedo non sapeva nemmeno il suo nome... quindi mi manda da un altro, che però è "esperto" solo di Metafluor e quindi mi accompagna da un terzo che però è esperto solo di pClamp. Insomma, dopo mezz'ora tirano fuori dal cappello uno dei programmatori.
Gli spiego la questione, lui mi guarda come se fossi un alieno e mi dice "caspita, non avevo mai pensato di implementare tutte queste cose!", prende un taccuino e se le segna, mi ringrazia e se ne va.
Non uso più quei software ora, ma l'ultima volta che ho controllato ancora non avevano implementato i miei suggerimenti... magari in futuro il tizio ritroverà il suo taccuino... |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 01 novembre 2008 : 01:11:01
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Citazione:
Non uso più quei software ora, ma l'ultima volta che ho controllato ancora non avevano implementato i miei suggerimenti... magari in futuro il tizio ritroverà il suo taccuino...
Ahahah!!!
Comunque rimango dell'idea che i software per la ricerca dovrebbero essere OpenSource...  |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 01 novembre 2008 : 01:19:56
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Il problema di quei programmi è che devono comandare delle apparecchiature (es. microscopio, amplificatore etc.), quindi sei forzato a usare i software che ti dà la casa produttrice perchè difficilmente un progetto opensource supporterà quel particolare hardware. Il software ovviamente te lo danno insieme agli apparecchi, però gli aggiornamenti li paghi.
Esiste qualche progetto opensource per microscopia, come Micromanager che sembra molto carino, ma non sono mai riuscito ad usare perchè non mi riconosce l'hardware... |
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stefanken
Nuovo Arrivato
39 Messaggi |
Inserito il - 22 febbraio 2010 : 14:13:56
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...mmmmmm....
sebbene sarebbe fantastico indicizzare separatamente materiali e metodi credo non sia fattibile per una serie di ragioni
1) Non tutti i papers sono disponibili, al motore di ricerca, come full text. Di conseguenza NCBI per molti articoli non ha nessuna informazione (e non può proprio averla) riguardo il contenuto della sezione "materiali e metodi"
2) L'usanza di dedicare un paragrafo ai materiali e metodi, sebbene sia diffusa, non è ubiquitaria. Ci sono riviste in cui è fuso ai risultati o in cui è suddiviso in paragrafi ancora più specifici
3) I materiali e metodi sono riportati come testo libero e ad occhio credo possa essere complesso estrarre keywords da indicizzare. O vogliamo indicizzare tutto come si fa con titolo ed abstract? Ok, sarebbe meglio di niente, ma dovrebbe essere già possibile avere informazioni sulle procedure sperimentali seguite già dall'abstract (in fondo ricercare per materiali è metodi lo facciamo tutti!)
Più che Pubmed il lavoro dovrebbero farlo gli editori, richiedendo keywords separate per M&M...
Però è vero: il mondo sarebbe migliore
Saluti
Stefano
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Franceska82
Nuovo Arrivato
Città: Napoli
21 Messaggi |
Inserito il - 24 febbraio 2010 : 12:17:52
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beh io direi che il nuovo sito di Gromacs è pessimo!!!
cercare nella mailing list un argomento è diventata un'impresa, non c'è una discriminazione nelle parole che inserisci nella ricerca e soprattutto non c'è un ordine temporale!!!
i file di documentazione poi, non sono aggiornati dalla versione 3 e visto che sono arrivati alla versione 5 e i file di input sono cambiati sarebbe il caso di aggiornarsi un pò visto che dovrebbe essere un sito di guida e delucidazioni!!
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