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valefarfa
Nuovo Arrivato
Prov.: Teramo
Città: Teramo
24 Messaggi |
 Inserito il - 16 gennaio 2006 : 19:49:19
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Ciao a tutti!!
Vorrei un'informazione: sto iniziando un lavoro di diagnostica su un tipo di diabete genetico e vorrei qualche informazione sull'utilizzo di Entrez Gene (Nih) soprattutto riguardo al SNP (single nucleotide polimorfism).. qualcuno se ne intende???
Grazie
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 16 gennaio 2006 : 20:24:13
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| Cosa ti serve? Chiedi pure e se saremo in grado di aiutarti lo faremo... |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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valefarfa
Nuovo Arrivato
Prov.: Teramo
Città: Teramo
24 Messaggi |
Inserito il - 17 gennaio 2006 : 10:08:14
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Bene, grazie...
Dicevo, sto cercando di mettere a punto un nuovo sistema di diagnostica e per fare ciò devo analizzare delle mutazioni puntiformi su un particolare gene; volevo perciò sapere come faccio ad estrapolare la sequenza di interesse e visualizzare la mutazione utilizzando Entrez Gene...
Grazie e ciao |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 17 gennaio 2006 : 14:16:26
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In linea generale:
puoi usare l'interfaccia web sul sito dell'NCBI, all'indirizzo http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi
Semplicemente inserisci il gene che ti interessa e ti verranno mostrate tutte le SNPs ad esso correlate (se leggi un attimo le istruzioni che trovi nella stessa pagina, e' spiegato come definire al meglio la query in modo da ottenere risultati migliori).
Per ogni risultato ti vengono indicati dei links (quei pulsanti colorati) per ottenere la seq. originale (dal database Nucleotide), le annotazioni sul gene, o le informazioni relative a malattie genetiche (OMIM).
Ricordati che per ottenere la seq. il formato più leggibile è il FASTA (anche se per qualche motivo incomprensibile quello di SNPs è scorretto, praticamente è un formato gcg)
Se devi scaricare delle sequenze in maniera sistematica, in linea di principio puoi usare curl o qualche altro programma sotituendo a $ID l'ID della seq. che ti interessa, a questo url:
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=snp&id=$ID&report=FASTA
Ci sono diversi tools per scaricare le seq. in maniera automatica, uno dei più comodi è seqret di EMBOSS.
Ti conviene anche dare un'occhiata alle FAQ sull'home page di SNPs.. |
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valefarfa
Nuovo Arrivato
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24 Messaggi |
Inserito il - 17 gennaio 2006 : 19:43:58
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Ok grazie x le dritte poi ti farò sapere...
ciao |
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