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pikaciù
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
 Inserito il - 22 ottobre 2008 : 17:37:43
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 Ciao a tutti!
mi sono appena iscritta perchè sto disperatamente cercando qualcune che mi aiuti a disegnare i primers per le reazioni di sequanza!
io li ho sempre disegnati a mano ed hanno sempre funzionato (più o meno).
ho disegnato i primi primers usando Primer3plus, li ho contollati facendo un BLAST, ma adesso mi stanno facendo venire le paranoie perchè dovrei controllare anche il "folding"!
ho trovato il programma del prof. Zucker, ma non so minimamente come funziona e soprattutto non saprei come interpretare i risultati una volta ottenuti.
un grazie di cuore a tutti quelli che mi sapranno aiutare
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darkene
Utente Junior
291 Messaggi |
 Inserito il - 22 ottobre 2008 : 18:40:27
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scusa ma cosa intendi per folding?
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pikaciù
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 22 ottobre 2008 : 18:47:37
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intendo il ripiegamento della sequenza amplificata su se stessa. ci sono dei programmi che simulano il "folding", ma non so come si usano e come interpretare i risultati che forniscono.... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 22 ottobre 2008 : 22:30:11
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C'è qualcosa che non quadra... il folding si calcola su sequenze proteiche, mentre tu quello che vuoi amplificare é il DNA/RNA!!
Al limite potresti controllare la struttura secondaria di un RNA... ma pensavo che la PCR si facesse in condizioni tali da rendere ininfluente il folding delle molecole.
p.s. ncbi ha rilasciato da poco un nuovo tool, che permette di integrare primer3 con blast direttamente:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
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pikaciù
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 23 ottobre 2008 : 16:32:31
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Grazie mille,
a dire la verità speravo che qualcuno mi rispondesse: ma che te frega del folding!!! devo disegnare i primers di circa 6 geni enormi e credo che ci prenderò la pensione....
ho provato ad inserire la sequenza fasta, ma i risultati che mi escono non so come leggerli..
comunque grazie ancora, proverò a seguire i vostri consigli |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 23 ottobre 2008 : 19:41:36
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Citazione:
Messaggio inserito da pikaciù
Grazie mille,
a dire la verità speravo che qualcuno mi rispondesse: ma che te frega del folding!!!
Ah beh se vuoi te lo dico!!! 
Io non ho mai controllato il folding e non conosco nessuno che lo faccia!
Ma visto che la tua domanda era su questo ti ho detto tutto quello che sapevo... mi spiace è poco ma altro non so!
Citazione:
ho provato ad inserire la sequenza fasta, ma i risultati che mi escono non so come leggerli..
Ma guarda sinceramente neanche io!!!  A parte guardare le strutture secondarie che si possono formare! Ma poi finisce li! Dovresti guardare i valori di dG e Tm... ma poi cosa farsene non lo so!
Speravo qualche Bioinfo guardasse il programma e ci desse spiegazioni in merito!
Ma andare a chiedere a chi ti fa le paranoie dicendoti che devi controllare il folding???
Mi spiace non poter essere più di aiuto!
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pikaciù
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 27 ottobre 2008 : 18:02:52
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grazie a tutti! in realtà finora non ho mai controllato neanche io il folding, ma "chi mi dà lo stipendio" vuole che lo faccia e allora mi sono rivolta a voi.
So che i programmi commerciali lo fanno in automatico, mentre i poveracci come me che non possono comprarseli devono smazzarsi su internet...
Il fatto che nessuno lo faccia mi consola però, quindi dirò al "gran capo" che ho controllato tutto, anche il folding, con la speranza che non mi scopra...
E chi se ne fregauna volta tanto!
A presto, egrazie ancora
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 27 ottobre 2008 : 18:57:58
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Forse il tuo capo intende una cosa diversa con il 'fold'.
Il mio sospetto e' che parli del numero di volte che il tuo trascritto viene amplificato, per esempio 2 o 4 fold (2 o 4 volte), etc..
Oppure potrebbe riferirsi alla qualita' del genoma sequenziato (2 o 4X, etc..) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Disegnare primer per sequenza (folding)
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