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carlo.m
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10 Messaggi

Inserito il - 23 ottobre 2008 : 16:05:29

Ciao a tutti. Per vedere in quali tessuti un dato gene � espresso maggiormente, faccio riferimento ai grafici di GeneNote tipo quello che potete osservare nell'apposita sezione a questo link preso dal sito Genecards (circa a met� pagina):
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=CCR6&search=ccr6

Vorrei sapere se dalla semplice osservazioni di questi grafici posso dire dove un gene � maggiormente espresso e paragonare i diversi tessuti tra di loro dalla semplice altezza delle barre (io credo di s� perch� le barre sono normalizzate, ma vorrei una chiarificazione ben pecisa in merito).

Inoltre, da questo tipo di grafici posso dire se in un dato tessuto un gene � espresso ad alti o viceversa bassi livelli o comunque � sempre un discorso relativo di comparazione tra tessuti?

Spero di essere stato chiaro: quello che voglio � interpretare correttamente questi grafici di GeneNote e non rischiare di dire fesserie quando dico se un gene � pi� o meno espresso nei tessuti.

Grazie!

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 31 ottobre 2008 : 16:19:35

Sembrerebbe di si', anche perche' i dati sembrano essere presi da tessuti nelle stesse condizioni di salute.
Leggiti l'articolo di Genenote se vuoi essere sicuro:
- http://bioinfo2.weizmann.ac.il/cgi-bin/genenote/publications_page.pl

Ci sono altre database di espressione genica, per esempio quelli accessibili da ucsc/gene sorter:
- http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)