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SimoniNA
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
 Inserito il - 07 gennaio 2009 : 12:31:20
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buongiorno ragazzi! Fra un pò ho l'esame di bioinformatica, e non mi sono chiare alcune cose (di base). Spero di poter contare su di voi visto che molte altre volte siete stati gentilissimi a offrirmi spiegazioni.
Comunque il problema è questo: qualcuno può spiegarmi come funziona nel dettaglio SRS (sequence retrieval system) e in linee generali anche View integration (K2) ed entrez?
E cosa sono gli hypertext link e indexed links???
Grazie mille a tutti in anticipo. A presto
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
 Inserito il - 07 gennaio 2009 : 14:17:49
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Oggi esistono più di mille database, e ognuno di essi ha un proprio formato per presentare i dati e ogn'uno di essi presenta un "query tools".
Da questo nasce l'esigenza di integrare i dati. Esistono tre approcci per integrare i dati:
·View integration (K2)
·Data warehouse (Entrez)
·Link integration (SRS)
K2 (se non erro) era una sorta di interfaccia grafica, che rendeva uguale le interfacce di tutti i database. Ma lasciava le informazioni nel suo database sorgente. Questo sistema non ebbe successo, poiché era limitato dalla lentezza dei vari database che doveva consultare.
Entrez sviluppa un modello unificato dove accomodare tutte le informazioni contenute in vari database (il modello quindi conteneva le voci: nome gene, sequenza, ecc.).
I database quindi venivano convertiti e importati in un nuovo enorme database.
SRS:
è un programma che permette un rapido accesso a un largo numero di database di biologia molecolare.
In particolare SRS lavora creando una serie di indici per ogni
database. Quando si pone una query, questa effettua una ricerca sugli indici e ti porta all'informazione di interesse.
SRS NON è un motore di ricerca. I risultati NON formano una graduatoria (rank). La qualità dei risultati dipende dalla qualità del database, dalla qualità degli indici, dalla qualità delle query.
Esistono due tipi di link in SRS:
hypertext link: questo tipo di link collegano semplicemente due pagine (i link classici delle pagine web).
indexed link: possono essere di due tipi:
index-link (è creato comparando dueindici)
e read-link (è creato estraendo informazioni da un database e confrontandole con l'indice di un altro database). Gli Indexed Link sono bidirezionali. |
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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SimoniNA
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
Inserito il - 08 gennaio 2009 : 12:04:51
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-grazie mille, pensavo fosse più complicato di quello che sembra...Grazie ancora, gentilissimo, a presto  |
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SRS sequence retrieval system
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