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e1pasquale
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
 Inserito il - 26 gennaio 2009 : 12:41:15
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Ciao a tutti,
ho una domanda per voi. Data una sequenza consensus di 17 nucleotidi NT(T/C)AG(A/C)(A/G)CCNN(A/G)G(A/C)(G/S)AG riconosciuta dal fattore di trascrizione REST, come faccio a sapere se tale regione è presente nel gene ErlD di Xenopus laevis?
PS So che dovrei provare ad allinearle ma non so come fare perchè la regione è variabile.
Thanks
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 26 gennaio 2009 : 18:14:00
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un metodo rapido è consultare il database di REST
http://bmbpcu36.leeds.ac.uk/RE1db_mkII/
http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/gs/91689.html
oppure scarichi la sequenza del gene target, ErID, poi utilizzi un programma che cerchi la sequenza consensus. Non è necessario utilizzare tutte le combinazioni di ACGT, altrimenti impazzisci.
Si possono utilizzare le lettere convenzionali per le posizioni degeneri, ricordo solo la N=tutti i possibili nucleotidi, D=AeTeG, H=AeTeC, poi ci sono altre lettere che significano AeC, oppure AeT, AeTeC etc etc.
Quindi cerchi un'unica volta con questa stringa ed il programma (tipo Vector NTI, pDraw, etc) cerca automaticamente tutte le possibili combinazioni
in bocca al lupo
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Domanda: Siti RE1 nel gene ElrD di Xenopus
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