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sallusti10
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27 Messaggi |
Inserito il - 24 febbraio 2009 : 11:09:20
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Salve, qualcuno di voi mi potrebbe spiegare come riuscire a calcolare le frequenze relative degli aminoacidi di una proteina usando psi-blast? Penso che anziche' visualizzare l'allineamento dovrei visualizzare la matrice pssm, ma non riesco affatto a interpretarla per il modo in cui e' scritta. Grazie per una eventuale risposta
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dallolio_gm
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Prov.: Bo!
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2445 Messaggi |
Inserito il - 24 febbraio 2009 : 14:08:02
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Cosa intendi per 'frequenza relativa'? La frequenza di ogni aminoacido, posizione per posizione? O la frequenza aminoacidica in tutto il set di proteine individuate da psi-blast?
Non mi risulta che blast calcoli direttamente queste frequenze, anche se l'interfaccia web di ncbi-blast e' cambiata da poco tempo e potrebbe esserci qualche nuova funzione che non conosco. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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sallusti10
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27 Messaggi |
Inserito il - 24 febbraio 2009 : 14:14:02
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dicimamo che ho fatto un po' di confusione. Attraverso psi blast riesco a calcolare,data una mia sequenza il profilo, cioe' la cosiddetta pssm. Ogni elemento della mia matrice non e' la frequenza relativa ma uno score, Ora vi chiedo: da esso riesco a risalire alla frequenza relativa dell'aa nella mia sequenza? Scusa te se ho fatto un po' di confusione...
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sallusti10
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27 Messaggi |
Inserito il - 04 marzo 2009 : 17:05:01
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Ciao! Volevo dirvi che ho trovato la soluzione al mio problema. Usando blast in locale e generando la matrice pssm si trovano le frequenze. Esattamente, la matrice da considerare e' la seconda presente nel file. Ciao |
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