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SaraThrash
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
 Inserito il - 13 marzo 2009 : 18:21:17
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Ciao a tutti, il caro prof. che come ogni venerdì non si presenta al laboratorio, ci ha dato questa traccia da fare, ma io non ho capito bene cosa vuole...
1) Selezionate una sequenza proteica e lanciatela in blastP.
2) Focalizzatevi su un risultato, descrivendo similarità e differenze.
3) Ottenete la sequenza proteica di quest’ultima; descrivete le differenze tra l'output di Blast e quelli di Blast2sequence e Dotlet.
4) Ripetete i punti 2 e 3 usando Megablast e blastN. Evidenziate eventuali differenze nella distribuzione di similarità con i blast di proteine.
5) Ancora una volta usate blastX per entrambe le proteine e osservate l'output. Considerando la logica di blastX, cosa notate?
1) Allora, io prendo una proteina a caso, di cui cerco la sequenza sul sito dell'NCBI, in formato FASTA, e la incollo in BlastP.
2) Gli commento i risultati.
3) Questo punto proprio non mi è chiaro. Devo confrontare 2 sequenze proteiche?
4) Come sopra...
Se qualcuno è disposto a perderci 5 minuti gliene sarei grata...
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 13 marzo 2009 : 18:41:29
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Nemmeno io posso sapere cosa vi sia nella testa del tuo prof :-), pero' vediamo un po':
Citazione:
1) Allora, io prendo una proteina a caso, di cui cerco la sequenza sul sito dell'NCBI, in formato FASTA, e la incollo in BlastP.
2) Gli commento i risultati.
3) Questo punto proprio non mi è chiaro. Devo confrontare 2 sequenze proteiche?
Credo di si'... devi scegliere una proteina tra i risultati del punto 1, e poi provare a fare l'allineamento con altri programmi, per vedere le differenze. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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SaraThrash
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 14 marzo 2009 : 11:36:06
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Ok, ho fatto i confronti con blastn, blastp, blast2sequence e megablast... ora ho un problema con dotlet...come interpreto i risultati?
infine, in blasx ho inserito la sequenza nucleotidica della GRB2 e non ho la più pallida idea di come interpretarla. |
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