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Discussione |
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HnACP
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
78 Messaggi |
 Inserito il - 25 settembre 2006 : 10:57:16
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Grazie, però nn trovo il tuo di biologia, dove l'hai messo?
Poi un'altra cosa; devo descrivere tutti i comandi, e tutti i passi per incominciare a scrivere un programma, oppure mi tengo ancora sul generale? |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 25 settembre 2006 : 13:10:07
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Io, a questo punto incomincerei a descrivere un po' la procedura.
Le informazioni che ho scritto io, le puoi trovare nelle "pagine Recenti" - O utilizzare il Feed RSS.
L'importante è creare link tra le varie parti, così da creare un passaggio continuo da una voce all'altra. (Ho messo un link per Python anche nella voce Bioinformatica)
Con l'aumentare in complessità verranno create delle pagine in cui saanno organizzate le voci all'interno di una categoria specifica.
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MolecularLab.it - Animazioni, News, didattica & Community su bioinformatica, biologia molecolare ed ingegneria genetica.
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 25 settembre 2006 : 16:23:11
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Citazione:
Messaggio inserito da atreliu
Secondo me conviene andare per gradi:
in una prima fase essere un po' generali, e successivamente approfondire le varie parti con parti più specifiche.
Io penso che incomincerò ad inserire invece un po' di informazioni sul programma MOE che sto usando al lavoro per modellistica molecolare..
Finalmente qualcuno che parla di MOE nel molecular modeling. Credevo di essere una mosca bianca e che il resto del mondo conoscesse solo GROMACS e AUTODOCK (a parte pochi eletti ndr). Su MOE posso aggiungere qualche info pure io, soprattutto per quanto riguarda il metodo di docking (che dalla versione 2004.3 alla 2005.6 è stato stravolto).
Comunque, a parte tutto, colgo l'occasione per rilanciare un quesito per chi usa MOE: dopo aver condotto una dinamica molecolare di un complesso c'è un modo per tirare fuori i valori di RMSD e RMSF su ligandi o su acque di solvatazione? (per le eventuali risp forse è mglio postare su questi vecchi topic che avevo già aperto al tempo: docking e dinamica molecolare e water exchange)
P.S.: sarà una mia impressione ma le MD che conduco su MOE mi sembrano un po' troppo immobili... mah... forse non ho settato bene il qT (0.1 ps) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 26 settembre 2006 : 00:39:36
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 non sono certo a questi livelli 
Per'ora mi diverto a fare analisi base, su presenza e caratteristiche dei siti attivi, minimizzazioni..
Ma c'è tempo... ed imparerò ( se qualcuno del lab mi aiutasse però sarebbe molto meglio  ....) |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 26 settembre 2006 : 09:24:56
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Citazione:
Messaggio inserito da atreliu
non sono certo a questi livelli
Per'ora mi diverto a fare analisi base, su presenza e caratteristiche dei siti attivi, minimizzazioni..
Ma c'è tempo... ed imparerò ( se qualcuno del lab mi aiutasse però sarebbe molto meglio ....)
Forse Ra1D sa qualcosa di piu' sulla caratterizzazione di siti attivi (personalmente non ho avuto modo di provare il site finder perche' il mio sito lo conoscevo gia' bene  )
Per quanto riguarda la minimizzazione ti consiglio di farla da riga di comando. L'interfaccia grafica (perlomeno quella su MacOSX) non permette di gestire completamente i singoli steps di gradienti coniugati, steepest descent e newton-raphson |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 26 settembre 2006 : 19:15:52
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Farebbe comodo avere una sezione 'Progetti' in questo forum dove discutere di cose del genere ;) ma non vorrei chiedere cose troppo complicate.
ehi appena posso cerco di dare una mano nella sezione di python, anche se secondo me andrebbe messo un po' di Unix e GNU base (gawk, grep, sed, vim e queste cose qui). |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 26 settembre 2006 : 22:43:19
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Proposta: ma se abbiamo il wiki che è tanto bello perchè lo vogliamo restringere alla sola bioinformatica?
Si potrebbe incorporare (in alcuni casi magari un po' riscritta) una buona parte della sezione didattica lì dentro e farlo diventare un wiki di bio[quello che volete]. Che ne dite? (soprattutto Ricky) |
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HnACP
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
78 Messaggi |
Inserito il - 27 settembre 2006 : 10:30:07
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Citazione:
ehi appena posso cerco di dare una mano nella sezione di python, anche se secondo me andrebbe messo un po' di Unix e GNU base (gawk, grep, sed, vim e queste cose qui).
PER ME NN C'E' PROBLEMA
BYEZ |
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HnACP
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
78 Messaggi |
Inserito il - 27 settembre 2006 : 22:20:30
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| ah, grazie per l'aggiustamento! forse nn necessario |
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HnACP
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
78 Messaggi |
 Inserito il - 29 settembre 2006 : 20:29:07
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ma perchè è stato cancellato un mio messaggio?  |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 29 settembre 2006 : 22:12:58
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Mica è stato cancellato, ma solo spostato, visto che non inerente alla converazione: lo trovi, con la mia risposta nei Suggerimenti... no non c'è... mmh..
devo aver fatto un po' un pastrocchio..
cmq rispondo ancora:
quello che hai visto è rivolto alle aziende: puoi inserire tranquillamente il tuo link nel tuo profilo, nella directory scientifica o anche nella firma al forum -purchè sia entro certi limiti..-
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HnACP
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
78 Messaggi |
Inserito il - 29 settembre 2006 : 23:00:57
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| ahhh meno male grazie. Pensavo di essere nel blog di Beppe Grillo! (strani filtri!) |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 30 settembre 2006 : 00:19:12
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Ho modificato due righe nell'articolo su python.
Citazione:
Messaggio inserito da atreliu
Mica è stato cancellato, ma solo spostato, visto che non inerente alla converazione: lo trovi, con la mia risposta nei Suggerimenti... no non c'è... mmh..
ehm, il messaggio è finito nella sezione 'Suggerimenti' |
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HnACP
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
78 Messaggi |
Inserito il - 30 settembre 2006 : 15:01:51
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| Ok, anche perchè nn sono particolarmente esperto di linux |
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orcaimpetuosa
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 11 dicembre 2006 : 21:51:55
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| possono servire le dispense on line del mio corso? sono ben fatte |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 12 dicembre 2006 : 01:30:23
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Certo che possono servire.
Sono già in digitale?
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HnACP
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
78 Messaggi |
Inserito il - 12 dicembre 2006 : 20:59:04
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| ahhhhh ma allora il progetto sta continuando... pensavo che s'era fermato!! allora continuo con python scusate... |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 13 dicembre 2006 : 01:06:31
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Qui non ci si ferma mai :-) eheh
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orcaimpetuosa
Utente Junior
234 Messaggi |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 gennaio 2007 : 14:37:13
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non sono male quegli appunti,
il problema é che essendo stati creati per un corso, utilizzando tempo dell'Università, legalmente quei documenti appartengono all'ateneo e/o al professore che li ha prodotti.
Si potrebbe chiedere al prof. di renderli disponibili sotto una licenza libera (es. Creative Commons), oppure di partecipare al progetto personalmente ( , che tipo è?).
Non sarebbe nemmeno una idea stupida, convincere dei prof a scrivere degli appunti unici in italiano piuttosto che disperdere risorse nei vari corsi.
Anche se io personalmente pensavo che sarebbe stato più divertente scriverli in comunità, senza nessuna università in mezzo |
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orcaimpetuosa
Utente Junior
234 Messaggi |
Inserito il - 16 gennaio 2007 : 15:18:40
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| beh, il prof è una persona piuttosto modesta, nn penso che abbia problemi eccetto il tempo (è da dicembre che aspettiamo l'esito degli esami) |
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HnACP
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
78 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2007 : 13:18:52
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| Ho appena dato un'occhiata alla sezione riguardante il perl, molto ben fatta tra l'altro, ma mi è venuto un dubbio: se prendo degli esempi oppure degli schemi dai miei manuali, nn è che violo qualche copyright? |
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atreliu
Amministratore
Prov.: Milano
Città: Milano
2484 Messaggi |
Inserito il - 21 gennaio 2007 : 13:35:34
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Ciao
Sto ancora inserendo il materiale (e strutturandolo),
di cui ho avuto l'autorizzazione a pubblicare dall'autore Marco Liverani http://www.isinet.it/~marco/perl/
Per quanto riguarda gli esempi...
nella mia visione direi di non essere troppo fobici: se non si tratta di processi/procedimenti complessi, credo che non dovrebbe causare un grosso disturbo a nessuno: certo va fatto con attenzione e modicità. |
MolecularLab.it - Animazioni, News, didattica & Community su bioinformatica, biologia molecolare ed ingegneria genetica.
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Lendon
Nuovo Arrivato
Prov.: Vicenza
Città: Vicenza
1 Messaggi |
Inserito il - 16 marzo 2007 : 12:33:57
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Salve,
Mi chiamo Oscar Ingegnere Biomedica Laureato a Padova,questo corso di laurea mi ha fornito le basi della bioinformatico , certamente è un discorso molto ampio da fare.
Voglio prima provare a dare una definizione di Bioinformatica:
La Bioinformatica è una discipòina scentifica dedicata alla risoluzione di problemi biologici con metodi informatici
Questa scienza utilizza mezzi informatici per descrivere comportamenti biologici e trasformarli in modelli puramente matematici per sintetizzare modelli artificiali dello stesso sistema biologico,(Informatica- biologia-matematica-modelli artificiali).
in poche parole:
La bioinformatica principalmente si occupa di:
fornire modelli statistici validi per l'interpretazione dei dati provenienti da esperimenti di biologia molecolare e biochimica al fine di identificare tendenze e leggi numeriche
generare nuovi modelli e strumenti matematici per l'analisi di sequenze di DNA, RNA e proteine al fine di creare un corpus di conoscenze relative alla frequenza di sequenze rilevanti, la loro evoluzione ed eventuale funzione.
organizzare le conoscenze acquisite a livello globale su genoma e proteoma in basi di dati al fine di rendere tali dati accessibili a tutti, e ottimizzare gli algoritmi di ricerca dei dati stessi per migliorarne l'accessibilità
Di fatto per ogni comportamento biologico si usano differenti software e non tutti liberi e anche di elevato costo come Emotion Capture e altri...
Ora un semplice modo di fare La Bioinformatica libera sarebbe o costruirsi i software facendo concorrenza a quelli gia presenti nel mercato oppure chiedere a loro di liberalizzarli cosa penso molto difficile...essendoci un grosso monopolio . |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 18 marzo 2007 : 14:34:33
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Ciao Lendon, benvenuto nel forum e grazie per la partecipazione, e per la definizione.
Provo a risponderti velocemente sulla questione 'Bioinformatica e Software Libero'.
Beh é vero che ci sono molti buoni software proprietari usati in bioinformatica, per esempio quelli che hanno costi esorbitanti e vengono utilizzati solo in ambito industriale/accademico e biomedico, a me ne vengono in mente alcuni per la predizione strutturale di proteine e per il drug-design, mentre non conosco il software che hai citato.
Però, questo non impedisce di scrivere una guida che riguardi ciò che si può fare in bioinformatica utilizzando solo software e materiale libero, che poi uno lo possa considerare inferiore o meno.
In ogni caso, almeno per il modo di fare bioinformatica che ho imparato io (e grazie al cielo ho avuto la fortuna di viaggiare abbastanza per motivi di studio), non mi sembra che il contributo dei programmi opensource/liberi sia poco importante nella ricerca.
Pensa innanzitutto a perl, python e java (anche C e C++ volendo): sono linguaggi di programmazione rilasciati sotto Gnu-GPL o licenze simili, e sono di gran lunga i più utilizzati in bioinformatica, ti basta fare una ricerca sul database di pubmed per vederlo, oppure dare un'occhiata ai progetti come BioPerl e gli altri Bio{Python, Java, Ruby, etc..}, che non solo mettono a disposizione un gran numero di scripts e di programmi già pronti e riutilizzabili, ma sono sviluppati tramite un modello aperto, nel quale chiunque può contribuire con materiale e anche solo con idee.
Un'altra cosa a cui potresti pensare é il cambiamento che sta avvenendo in questi anni nel panorama delle riviste scientifiche specializzate, come Nature e PLOS.
Alcuni anni fa fondata la rivista PLOS (http://plos.org), la prima a proporre un modello di pubblicazione aperto, nel quale gli articoli vengono resi disponibili gratuitamente in versione integrale, mentre i costi di verifica e di burocrazia vengono mantenuti dalle istituzioni e dai ricercatori.
Gli articoli della rivista PLOS, indipendentemente dall'Impact Factor (che in ogni caso attualmente é abbastanza alto), sono molto più letti e dibattuti, e questo semplicemente per il fatto di essere disponibili gratuitamente a tutti, e accessibili ai motori di ricerca che ne indicizzano le pagine più agevolmente.
Un'altro punto riguarda tutta la massa di dati riguardante sequenze, strutture e annotazioni accessibile pubblicamente.
A me piace dire che un bravo bioinformatico, se é capace di utilizzare al meglio tutte le risorse e i motori di ricerca disponibili su Internet, é in grado di farsi un'idea di tutto quello che l'uomo conosce della biologia dopo centinaia di anni di ricerca scientifica.
Però che cosa succederebbe se questi dati non fossero più accessibili gratuitamente? E se dovessi pagare per ottenere una sequenza di DNA da NCBI, sarei in grado di fare le stesse cose nel mio lavoro?
E che cosa succederebbe se tutti i modelli di proteina, come quelli nel pdb, o le strutture precalcolate tramite Modeler, venissero chiusi?
Se sparissero tutti i modelli proposti, i filmati, gli appunti, le annotazioni (se fossi costretto ogni volta a partire da sequenze anonime di DNA e leggermi centinaia di articoli per sapere dove si trovano geni e segnali di regolazione), la tassonomia di tutti gli organismi, le analisi già precalcolate, i software gratuiti, i blog scientifici, e la stessa Internet?
Se dovessi pagare per queste cose, certamente altre persone si arricchirebbero (anche se non é detto), e alla fine anche io me la potrei cavare, ma alla fine, quello che mi ritroverei a produrre sarebbe molto poco rispetto a quello che posso fare adesso, e ciò andrebbe a discapito di altre persone, visto che si tratta di ricerca.
Forse il discorso é leggermente diverso se si parla di bioinformatica biomedica.
Io credo che la presenza di industrie che si occupano di produrre software di eccelsa qualità per strumenti e analisi mediche sia una buona cosa.
Certo, nessuno nel mondo occidentale si metterebbe mai a dire una cosa del tipo 'Per favore, voglio che gli strumenti che utilizzate per le mie diagnosi e per curarmi utilizzino solo software opensource, anche se so che questo può essere di qualità inferiore'.
Nemmeno io: una volta ho conosciuto un ragazzo che scriveva software per un apparecchio laser utilizzato nelle operazioni alla cornea per la riduzione della miopia.
Beh... io non sarei mai capace di farmi fare un'intervento all'occhio con strumenti che non siano prodotti da un'azienda che non abbia investito una somma considerevole di denaro e si prenda la sua responsabilità nel suo programma.
Però... il mondo occidentale non é tutto il mondo ;)
Immagina se le stesse software house che producono programmi sofisticati rilasciassero le specifiche di quello che hanno prodotto (forse lo fanno, non sono ben informato), o almeno quelle di cui non hanno più bisogno.
Sarebbe possibile... beh per esempio, realizzare delle operazioni per ridurre la miopia anche in Paesi del Terzo Mondo?
Può sembrare sovversivo, ma ricorda che uno dei vantaggi del software libero é che spesso si ottiene qualcosa in cambio.
In fondo anche nei Paesi meno sviluppati ci sono persone intelligenti, che possono apportare modifiche innovative ad un programma se hanno la possibilità di utilizzarlo (pensa per esempio alla distribuzione Ubuntu, creata da un sudafricano).
E si potrebbe sempre chiamare bioinformatica libera, visto che ci sono entrambi i concetti.
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