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Blunay
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
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34 Messaggi |
 Inserito il - 10 aprile 2009 : 16:42:29
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Salve a tutti
Sto cercando un programma di facile uso per l'analisi densitometrica di immagini acquisite allo scanner di gel di western blot.
Qualcuno ha qualche suggerimento?
Grazie
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chick80
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Blunay
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
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34 Messaggi |
 Inserito il - 16 aprile 2009 : 18:18:11
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Credo che ImageJ sia la soluzione migliore.
E' gratuitamente scaricabile da http://rsbweb.nih.gov/ij/
Analizzare i gel con ImageJ è molto semplice, se hai problemi a capire come fare fai un fischio che ti spiego come.
Hey ti ringrazio per la risposta.
Se non ti tolgo troppo tempo, mi spieghi come fare? |
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chick80
Moderatore
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11491 Messaggi |
Inserito il - 16 aprile 2009 : 20:33:43
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Allora, fai così:
1) apri l'immagine del tuo gel con in ImageJ. Ad es. prendiamo questa:
Immagine:
9,21 KB
2) Nella barra scegli il pulsante per la selezione rettangolare e disegna un rettangolo attorno alla banda interessata, poi premi "1" per marcarla (oppure dal menu Analyze scegli "Gels->Select First lane").
Immagine:
23,71 KB
3) Premi "3" oppure scegli Analyze->Gels->Plot Lanes
Otterrai un grafico dell'intensità delle bande tipo:
Immagine:
35,18 KB
4) Disegna una linea di base in modo da isolare i vari picchi. Tieni schiacciato SHIFT mentre disegni la linea in modo da essere sicuro che la linea sia orizzontale. In questo caso ho anche dovuto disegnare due linee verticali per isolare la 4a e la 5a banda.
Immagine:
36,67 KB
5) A questo punto devi selezionare ciascuna banda usando il tool "bacchetta magica" e cliccando all'interno del picco della banda.
Verrà indicata l'area della regione.
Immagine:
70,42 KB
6) Seleziona Analyze->Gels->Label Peaks per ottenere la % di ciascun picco.
Immagine:
79,62 KB |
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domi84
Moderatore
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domi84
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chick80
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Blunay
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
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34 Messaggi |
Inserito il - 18 aprile 2009 : 14:57:08
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Hey ragazzi grazie a tutti per le risposte, soprattutto a te per l'esemio Chick! 
Ti farò sapere come è andata
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Blunay
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: Napoli
34 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2009 : 00:27:08
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Scusate ragazzi, ma l'area che calcola sotto il picco, cosa sappresenta? L'intensità del colore giusto? Non la grandezza della banda vero?
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chick80
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Blunay
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: Napoli
34 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2009 : 11:46:52
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Scusa mitico Chick (  ) ma l'intensità rapportata a cosa? Al "bianco"?
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2009 : 13:23:48
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| Sì, rapportata al bianco. Non so bene come funzioni l'algoritmo usato da ImageJ, ma immagino che per ogni pixel dia un valore da 0 a 1 o da 0 a 255 o qualcosa così a seconda che sia bianco o nero, poi ne fa la somma. |
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neurone81
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 30 aprile 2009 : 12:27:19
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| Ragazzi scusate ma come fate a scannerizzare l'immagine della lastra io ci provo ma viene tutta nera!! Help me |
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domi84
Moderatore
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neurone81
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 30 aprile 2009 : 13:07:04
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Anzi ragazzi vorrei essere piu' specifica mi serve un densitometro per analizzare le bande dell' isoelettrofocusing.
Grazie |
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chick80
Moderatore
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neurone81
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 30 aprile 2009 : 16:06:01
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Provero' grazie... |
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AleER
Nuovo Arrivato
9 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2010 : 19:23:02
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| sempre su ImageJ: sto provando ad installarlo, ma una volta scaricato e tentato l'avvio mi dice ch enon posso farlo con le impostazioni che ci sono...ho rpovato a modificare ma niente...ho un vista e un xp..nè su uno nè sull'altro... |
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chick80
Moderatore
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iac
Nuovo Arrivato
49 Messaggi |
Inserito il - 22 giugno 2011 : 16:24:34
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| SALVE CICK80.ANCHE SE INTERVENGO ALLA DISCUSSIONE IN RITARDO SPERO CHE TU MI POSSA DARE UNA MANO.MI POTRESTI DIRE IL LINK DI UN BUON MANUALE PER IMPARARE L'USO DI IMAGEJ?SECONDA DOMMANDA, MA CHE TU SAPpIA QUESTO PROGRAMMA LA CALCOLA L'INTENSITà DELLE BANDE, A ME CALCOLA L'AREA,MIN E MAX.LA MIA E-MAIL è iacsorr@gmail.com perfavore, rispondimi |
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chick80
Moderatore
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iac
Nuovo Arrivato
49 Messaggi |
Inserito il - 22 giugno 2011 : 17:09:40
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| Non sai se è possibile conoscere la quantità di DNA in mg presente in una banda del suddetto.grazie |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 22 giugno 2011 : 17:28:31
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Se hai uno standard con bande a quantità nota misuri le intensità, fai una retta di taratura e la trovi.
Conta che è un metodo semiquantitativo. |
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iac
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49 Messaggi |
Inserito il - 23 giugno 2011 : 08:15:44
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| Grazie, per le utioli spiegazioni |
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iac
Nuovo Arrivato
49 Messaggi |
Inserito il - 23 giugno 2011 : 09:53:52
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| Come si inserfisce una curva di taratura nelprogramma ? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 23 giugno 2011 : 10:37:56
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Non so se si possa fare direttamente in ImageJ, falla in Excel, Calc, R, o il software che più ti piace che sia capace di fare una regressione lineare.
Prendi le intensità delle bande e fai un grafico intensità vs quantità di DNA. Costruisci la retta di regressione e vedi a che quantità di DNA corrisponde l'intensità della tua banda sconosciuta. |
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