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giovarusso76
Nuovo Arrivato
23 Messaggi |
 Inserito il - 17 marzo 2006 : 20:12:43
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ciao ragazzi!
il programma di allineamento clustalw allinea anche gli mRNA?
http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/clustalw/
nella parte superiore c'e' scritto DNA e protein...
a livello di albero filogenetico che differenza c'e' tra allineare gli mRNA di organismi diversi o allineare le proteine prodotte sempre da questi mRNA?
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skabor
Nuovo Arrivato
13 Messaggi |
Inserito il - 17 marzo 2006 : 21:54:23
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conviene effettuare l'allineamento sugli amminoacidi piuttosto che sull'mRNA perchè nel caso in cui tu voglia inserire delle delezioni, queste devono essere fatte a multipli di tre, utilizzando il linguaggio ad una lettera amminoacidico invece il problema non si pone.
Successivamente poi, per la costruzione dell'albero filogenetico puoi riconvertire in sequenza nucleotidica. |
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Ra1D
Utente Junior
Prov.: Bergamo
Città: Treviglio
174 Messaggi |
Inserito il - 18 marzo 2006 : 01:02:24
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Si, allinea anche gli mRNA (ovviamente con altri mRNA  )
Citazione:
What type of sequences can ClustalW align?
It can align either nucleotide or protein sequences. In the case of nucleotide sequences, it will align them as they are input – the program does not provide the option of specifying DNA strands. The EMBOSS tool revseq can be used to reverse and/or complement nucleotide sequences.
In linea di massima è più conveniente allineare sequenze amminoacidiche, perchè la selezione agisce sulla funzionalità del prodotto. Il codice genetico è anche ridondante (differenti triplette per il medesimo aa), per cui DNA (o mRNA) con bassa similarità potrebbero produrre proteine molto simili.
Però nel caso di analisi filogenetiche, buona similarità tra sequenze è un punto di partenza per valutarne l'omologia e quindi la distanza evolutiva. Come sopra però sequenze molto simili potrebbero portare a prodotti ben più differenti.
L'ideale sarebbe fare entrambi gli alberi e poi valutarne le differenze 
Ciao |
...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza... |
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giovarusso76
Nuovo Arrivato
23 Messaggi |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
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allineamento sequenze clustalw
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