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Odile768
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6 Messaggi |
 Inserito il - 05 maggio 2009 : 11:43:23
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Salve ragazzi avrei bisogni di un chiarimento sugli allineamenti multipli.La mia domanda è la seguente: io sò che il punto di partenza x un allineamento progressivo è l'allineamento tra tutte le possibili coppie di sequenze e che date N sequenze si dovrenno effettuare N(N-1)/2 allineamenti a coppie.Quindi c'ho che faccio è calcolarmi i punteggi di similarità. Ora il mio dubbio è sulle matrici di distanza,ovvero non ho ben capito se queste matrici siano equivalenti ai punteggi di similarità x costruire poi gli alberi,quindi o mi calcolo i punteggi di similarità o mi calcolo la matrice di distanza sempre arriverò a questi cluster e a questi alberi,oppure servono entrambi e quindi devo calcolare entrambi x arrivare alla costruzione dell'albero!grazie mille
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 05 maggio 2009 : 13:54:45
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Citazione:
Salve ragazzi avrei bisogni di un chiarimento sugli allineamenti multipli.La mia domanda è la seguente: io sò che il punto di partenza x un allineamento progressivo è l'allineamento tra tutte le possibili coppie di sequenze e che date N sequenze si dovrenno effettuare N(N-1)/2 allineamenti a coppie
Questo é vero, e visto che si tratta di un calcolo molto costoso computazionalmente, i tool di allineamento multiplo attuali utilizzano dei trucchi per diminuire il numero di calcoli richiesti.
Citazione:
Quindi c'ho che faccio è calcolarmi i punteggi di similarità. Ora il mio dubbio è sulle matrici di distanza,ovvero non ho ben capito se queste matrici siano equivalenti ai punteggi di similarità x costruire poi gli alberi
Qui non sono sicuro su cosa risponderti..
Non ho capito se stai parlando delle matrici di sostituzione, o di quelle interne ad un programma di allineamento multiplo particolare.
Stai parlando di clustalw?
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Odile768
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
Inserito il - 05 maggio 2009 : 14:28:35
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| Hey grazie mille x la risp!sisi parlo di clustal w..... |
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Odile768
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
Inserito il - 05 maggio 2009 : 18:47:35
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| Cioè volevo intendere se x costruire l'albero devo usare sia la matrice di distanza che i punteggi di similarità...scusate se nn mi sn spiegata bene ma nn essendo chiaro a me qst argomenti non sono riuscita neanche a postare bene la domanda |
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