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sabalf
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Città: napoli
24 Messaggi |
 Inserito il - 09 luglio 2009 : 10:26:42
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salve a tutti.... avrei qualche semplice domandina da farvi....premetto che prima di scrivere su questo forum ho cercato dappertutto ma non ho trovato quello che volevo sapere....allora dovrei fare l' esame di bioinformatica, ed ho un quadro accettabile della materia (per quello che mi serve sapere naturalmente), solo che non riesco a capire alcune cose quando consulto il programma BLAST sul sito http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ..... in particolare quando vado su BLAST e scrivo un AN mi escono una serie di info sugli allineamenti. a me interesserebbe sapere cosa vogliono dire le voci Length, identities, positives e gaps...... riporto come esempio una mia ricerca su blast:
>ref|XP_001090811.1| UniGene infoGene info PREDICTED: aspartylglucosaminidase [Macaca mulatta]
Length=283
GENE ID: 699740 AGA | aspartylglucosaminidase [Macaca mulatta]
Score = 177 bits (450), Expect = 2e-43, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 87/88 (98%), Positives = 87/88 (98%), Gaps = 0/88 (0%)
premetto che ho cercato anche nell' help del medesimo sito ma nn ho trovato nulla di questo...vi sarei molto grato se qualcuno mi rispondesse
grazieee 
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elenadea
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15 Messaggi |
Inserito il - 09 luglio 2009 : 11:15:47
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lenght è la lunghezza delle sequenze ke stai appaiando; identities sono gli amminoacidi o nucleotidi in base a cosa confronti identici tra loro, positives sono sia le identità che i casi in cui un amminoacido corrisponde ad un altro diverso ma con proprietà simili e gapssono le non corrispondenze. non so se hai mai fatto questo esercizio a mano sarebbero i trattini che inserisci
es:
K S A G w
K T - G W
allora vabè la seq è breve comunque le identità sono 2 le positività sono 3 considerando serina e treonina come amminoacidi con caratteristiche simili, il gap è uno(-). sei di Napoli x caso? devi farlo cn la chiusano? in tal caso devi fare anke l'attendibilità dell'allineamento. il tuo expected value (Expect = 2e-43) deve essere minore di 0.01 per essere attendibile ;) spero di nn aver scritto nulla di errato! :D |
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sabalf
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24 Messaggi |
Inserito il - 09 luglio 2009 : 11:31:31
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| in primis ti farò una statua d'oro a p.zza dante al suo fianco ;)...... cmq si lo faccio con la chiusano.... questa era l'unica cosa che nn sapevo e non riuscivo a trovare da nessuna parte...cmq giusto per curiosità pr caso avresti altri consigli da darmi sull'esame? ti sarei ancora grato e in tutti i casi grazie |
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elenadea
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Prov.: NA
Città: napoli
15 Messaggi |
Inserito il - 09 luglio 2009 : 16:25:10
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| avevo intuito subito ke lo facevi cn la chiusano... io l'ho fatto da poco... cmq vabè all'esame bisogna portare il codice gentico, e il codice esteso dei nucleotidi penso tu lo sappia ah la calcolatrice per calcolare l'e-value! poi a me usciron i sestetti ke nn sapevo kosa fossero ed ho scoperto essere quei 6 codoni ke codifican per uno stesso amminoacido ;) e poi diede una sequenza di un dna mitocondriale quindi non ha introni, ed ha geni per tRNA, mRNA, rRNA dovevam leggere tutte le features. inoltre la cosa importante è ke tu sappia fare il complementare inteso come reverse complement cioè i sei frame! sai di kosa sto parlando? hai seguito il corso? altrimenti mi spiego meglio!!! |
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sabalf
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24 Messaggi |
Inserito il - 10 luglio 2009 : 13:17:06
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| sisi piu o meno ho capito, solo che faccio sempre gli stessi errori, tipo quando vuole sapere ad esempio quanti sono gli esoni io vado a vedere solo la CDS acneh se cmq c'è anche la voce mRNA e ho saputo che pure quella devo contare....ma nel caso hai degli appunti? perchè io il corso l'ho seguito troppo tempo fa e dai lucidi della prof non si capisce nulla. se vuoi ti dò il mio indirizzo e-mail o msn.... grazie di tutto |
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