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claire84
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
 Inserito il - 05 agosto 2009 : 10:08:18
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ciao a tutti, dovrei chiedervi un consiglio..
sto scrivendo la tesi e devo inserire nell'introduzione una immagine 3D a colori della proteasi di HIV-1 fatta con pymol
Ecco io non ho la minima idea di come si usa pymol...ho scaricato pymol for evaluation (e non so nemmeno se va bene questo..)ma per ora sono ferma, qualcuno può darmi una mano?
Mi rendo conto di avere una grossa lacuna..
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2009 : 13:04:42
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Se quello che devi fare é semplicemente generare una immagine, non è molto difficile...
Devi andare su www.pdb.org e cercare la struttura della tua proteina: probabilmente troverai delle immagine giá pronte lì.
Una volta trovata la tua proteina (credo sia questa: http://www.pdb.org/pdb/explore.do?structureId=2UXZ , ma controlla), fai click su 'Download files' e quindi 'PDB structure'.
Ti verrá scaricato un file con estensione .pdb, che potrai aprire e modificare con pymol.
Da lí, puoi giocare un poco applicando diversi schemi di colori (per esempio, seleziona una catena e cambiane il colore, etc..) |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2009 : 13:40:36
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| se vuoi te la faccio io, dimmi come la vuoi e se hai qualche preferenza.. |
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claire84
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2009 : 14:01:53
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Grazie per la proposta, ma vorrei provare a fare da sola, soprattutto se è così semplice come sembra!!!
Se ho dei problemi vi faccio sapere!grazie mille |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2009 : 14:16:36
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RNA world... visto che sei così volonteroso... e se scrivessi un bel tutorial su come farlo, così lo pubblichiamo qui sul sito?
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Sei un nuovo arrivato?
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2009 : 14:29:12
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grazie per la proposta, mi piacerebbe... solo che sto scrivendo la tesi in questo periodo e sono davvero incasinato...rimandiamo la cosa ad un prossimo futuro dai.
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claire84
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 05 agosto 2009 : 17:18:03
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Domanda: come faccio a mettere all'interno del sito attivo un inibitore?
Ho preso una struttura in formato pdb e l'ho modificata, ma vorrei che mantenere anche l'inibitore nell'immagine. |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 06 agosto 2009 : 17:39:26
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Allegato:  erika.zip
1092,31 KB
Ho messo una cartella con delle immagini della proteasi di HIV (spero sia la tua stessa proteina) che avevo fatto tempo fa per una mia amica.
Tornando alla tua domanda, se vuoi avere nella tua struttura l'inibitore, allora devi andare in PDB e scaricare la struttura che contiene già l'inibitore, cioè hanno cristallizzato la proteina con il suo inibitore che si legherà nel sito attivo.
Se invece l'inibitore è già presente nel tuo file PDB ma non riesci a vederlo, allora vai su "Display"--> "Sequence" e alla fine della catena aminoacidica ci dev'essere una sigla che è quella dell'inibitore. Se ci clicchi su lo selezioni e ti compare sulla destra una nuova barretta con scritto (sele). A questo punto puoi visualizzare il tuo inibitore "S"--> sticks e puoi colorarlo come preferisci con il tasto "C".
Saluti,
Jacopo. |
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claire84
Nuovo Arrivato
21 Messaggi |
Inserito il - 06 agosto 2009 : 18:29:28
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Ti ringrazio sei stato molto gentile, la proteina è la stessa!
Cercherò di seguire le indicazioni che mi hai dato, vorrei imparare a fare qualcosina con questo programma, potrebbe tornarmi utile in futuro!!
grazie ancora! |
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Discussione |
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problemi pymol per immagine tesi..HELP!!
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