La formazione di dimeri di primer dipende da alcune variabili, quali la concentrazione di MgCl e la forza ionica. Qualsiasi software per valutare la formazione di dimeri ti chiederà queste cose. http://yellow.nist.gov:8444/dnaAnalysis/primerToolsPage.do
ho una domanda da porvi..sto iniziando ad approcciarmi a qst mondo quindi perdonate la mia ignoranza..devo trovare il promotore di un gene batterico usando il tool BPROM (http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=bprom&group=programs&subgroup=gfindb). da NCBI ho scaricato la sequenza del mio gene e di quelli limitrofi comprese le sequenze intercistroniche. ho inserito la mia sequenza e non ho trovato nessuna regione promotrice. il mio dubbio è che potrebbe essere dovuto al fatto che il mio gene (e quelli limitrofi a valle)è trascritto sul minus strand ed ncbi fornisce il plus. allora ho provato a riscrivere sempre in FASTA la sequenza di ogni gene ed ogni regione intercistronica iniziando dal gene più a valle e ho trov una regione promotore...ma questo secondo me non è corretto...(questo è solo il primo step per il disegno d primer e ho già mille dubbi..sto messa davvero male)
Io ho un dubbio che non riesco a superare, per qualche ragione...: Se voglio disegnare primer per una RT-qPCR, che mi si appaino al cDNA, da cosa parto in Blast? Dal gene o dall' mRNA?
ciao a tutti, oggi disegnando i primers su PRIMER3PLUS, insieme alle sequenze mida come output questi parametri :
- SELF - ANY - ANY PAIR - ANY END
provando a ragionarci su mi viene da pensare che SELF si riferisca all'appaiamento all'interno dello stesso primer ... ma gli altri parametri? qualcuno ne conosce il significato? tra gli HELP del sito non sono descritti gli output ma solo gli input!
Citazione:Using these thermodynamic models, Primer3 calculates the melting temperatures of oligos when hybridized to their intended targets and also predicts the strength of three types of secondary structures with possible mismatches: two types of bimolecular hybridization (‘ANY’ and ‘END’ interactions) and one type of unimolecular folding. Bimolecular ANY interactions involve the binding of an oligo (a primer or a hybridization oligo), anywhere within its sequence, to another DNA molecule (Figure 5A and B). Bimolecular END interactions involve the binding of the 3#8242;-end of a primer to another single-stranded DNA molecule (Figure 5C and E). Some, but not all, END interactions are also ANY interactions, and vice versa, and the most stable ANY interaction is always at least as stable as the most stable END interaction. END interactions are most relevant to priming polymerases activity. Primer3 filters out primers with stable END interactions to avoid those prone to generating short ‘primer-dimers’ (Figure 5C). Primer3 also uses a thermodynamic model to assess the propensity of a primer or hybridization oligo to form unimolecular hairpin structures (Figure 5D). Because these can inhibit primer hybridization to template molecules and cause PCR failure (20), Primer3 filters out primers likely to form hairpins.
ragazzi come faccio ad istallare variscan l' ho scaricato dal sito dell' universitad di barcellona in formato zip l' ho estatto ma non mi parte il setup dell' istallazione . grazie mille.
Ragazzi salve a tutti, avrei una domanda...forse un po banale visto che non è il mio campo. Perchè in letteratura trovo che i primer per una RT-PCR sono diversi da quelli per una qRT-PCR?
Perchè sono due cose diverse: RT-PCR è una retrotrascrizione da RNA a DNA (cDNA) ed è un passaggio necessario per fare una qPCR (quantitative PCR, o Real Time PCR). La RT-PCR può essere fatta con random primers (se vuoi retrotrascrivere tutto l'RNA) o con poly(T) se vuoi retrotracrivere solo i 3' degli RNA poly(A). La qPCR invece richiede una coppia di primer specifici per il gene che vuoi quantificare.
Primers:come disegnarli
Guide tools online
Inserito il - 14 luglio 2011 : 22:11:59
