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bububebè
Utente Junior
Prov.: Na
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255 Messaggi |
 Inserito il - 04 febbraio 2010 : 20:17:02
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Salve ragazzi, ho dei problemi nel capire l'algoritmo di N-W... Allora vi spiego quello che non mi è chiaro:
Sono arrivata tranquillamente alla parte in cui, all'interno di una matrice a punti, sostituisco il num 1 all *, ed il num 0 laddove non c'è identità. A questo punto posso considerare ciascuna casella come il punto di partenza per generare un rettangolo che si estende fino al margine inferiore della matrice; di conseguenza possiamo considerare ottimali tutti gli allineamenti che attraversano l'interno di questo rettangolo. Nell algoritmo di N-W non ho capito cm si assegnano i punteggi.. cioè tipo mi trovo anche num > di 1 e non ho capito da cosa sono stati scaturiti, e come viene ritrovato ogni rettangolo! Qua dice che basta trovare il valore più alto all interno del rettangolo e sommarlo al valore della casella in esame... ????? Mi aiutate per favore? GRAZIE MILLEEE!!
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domi84
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bububebè
Utente Junior
Prov.: Na
Città: Napoli
255 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2010 : 10:06:12
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Grazie domi per la risposta!! Spero di capirci qualcosa nella discussione che hai postato... male che vada, ti faccio sapere, ok?
Grazie mille! |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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bububebè
Utente Junior
Prov.: Na
Città: Napoli
255 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2010 : 13:07:08
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Allora ho capito la differenza tra allineamento globale e locale. Ora ti chiedo:
L algoritmo di N-W è un algoritmo dinamico che ricerca allineamenti globali. Il mio prof però sostiene che esistono 2 approcci circa questo metodo:
1) in ogni casella il n° è sostituito da valori che corrispondono al punteggio del miglior path, tra quelli che, proseguendo fino alla fine della matrice, si concludono sul margine destro o inferiore. I path possibili, sono solo quelli che si realizzano all' interno del rettangolo posto in basso a dx dalla casella stessa; basta trovare nel rettangolo il valore più alto e sommarlo al valore della casella in esame, partendo dall angolo in basso a dx per arrivare a quello in alto a sx;
2) qualsiasi percorso valido deve mentenere tendenzialmente una direzione che va dall angolo in alto a sx a quello in basso a dx. Nonosante il fatto che 1 casella sia circondata da 8 caselle, un percorso valido ne potà seguire solo 3,cioè lungo la riga, lungo la colonna e lungo la diagonale rispetto ad un adata casella, le altre 5 non sono consentite perchè corrispondono a un ripiegamento di allineamento privo di senso. Conoscendo il valore delle 3 possibili caselle a monte di 1 posizione,è possibile calcolare da quale delle 3 sia più vantaggioso far provenire il percorso.Ad ogni casella si conoscerà sempre il punteggio delle altre contigue da cui si può provenire e si considera per ogni casella il punteggio totalizzato fino a quel punto.E' importante ricordare che quando il percorso si sposta in verticale o in orizzontale nn si dovrà calocolare solo il pagamento della penalità per l introduzione del gap, ma anche assicurare che sarà considerato un solo valore di appaiamento, quello maggiore. Si cerca poi la casella col punteggio max e si procede a ritroso per delineare gli appaiamenti.
Volevo sapere, è giusto tutto questo?? Sorry se il messaggio è troppo lungo... ti ringarzio tanto se mi aiuti! |
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bububebè
Utente Junior
Prov.: Na
Città: Napoli
255 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2010 : 13:18:39
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Allegato:  allineamento.doc
207,28 KB
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Algoritmo di Needlemann e Wunsch
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