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dallolio_gm
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 Inserito il - 02 marzo 2010 : 00:15:37
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il peptide mass fingerprinting é un metodo utilizzato per identificare una proteina purificata o per verificare il risultato di una purificazione.
La proteina che si vuole studiare viene purificata e linearizzata tramite la rimozione di legami disolfuro (per esempio tramite SDS-PAGE) e viene digerita con un enzima come la tripsina, che la riduce spezza in punti ben definiti dalla sequenza della proteina e la riduce a piccoli peptidi di dimensioni specifiche.
Dopodiché si misura la massa di questi peptidi, tramite spettrofotometro, ottenendo un insieme di valori di masse che sono specifici della sequenza della proteina e che, tramite programmi come mascot, permettono di identificare la sequenza di origine.
Ti faccio un esempio: immagina di avere una proteina da identificare, senza poterla sequenziare e senza conoscerne l'identità.
Ora, con il mass fingerprinting prenderesti la proteina, la purificheresti con un gel, e la sottoporresti ad digestione con Tripsina.
Dalla digestione potresti ottenere per esempio 4 tipi di frammenti, uno con massa 300, uno 230, uno 340 e un altro 110.
Andando a cercare in un database potresti scoprire che l'unico peptide ottenuto con tripsina con massa 300 ha la sequenza abcde; l'unico con massa 230 é fghi, 340=lmno e 110=pq.
Questo vuol dire che la tua proteina di origine ha una sequenza corrispondente ad una combinazione di questi quattro peptidi, per esempio abcdeKfghiKlmnoKpq o fghiKmnoKabcdeKpq (la K é l'aminoacido che viene tagliato dalla tripsina).
Questo ti già da' una indicazione di quale potrebbe essere la sequenza della proteina, senza doverla sequenziare direttamente. Infine, confrontando le sequenze depositate già nei database, ti potresti fare una idea di quale sia la sequenza completa della tua proteina, di quale tra le combinazioni di peptidi sia la più probabile. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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