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grely21
Nuovo Arrivato



70 Messaggi
Inserito il - 03 marzo 2010 : 01:23:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di grely21 Invia a grely21 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti.Vorrei un aiuto su una cosa che non capisco.In blast quando bisogna scegliere il database ce ne sono di vari tipi(non redundant, swissprot...).Qual'è la differenza?In base a cosa devoscegliere se usare l'uno l'altro?per es. ho una sequenza ,la incollo e poi??Per favore, è una sciocchezza ma non capisco come fare...

domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi
Inserito il - 03 marzo 2010 : 09:12:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Dipende da quello che cerchi. Se cerchi un allineamento per delle strutture 3D allora userai un database dove sono contenute solo sequenze di proteine di cui è nota la struttura 3D.
Qui sono spiegati i vari database e le differenze:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blastcgihelp.shtml#protein_databases
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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grely21
Nuovo Arrivato



70 Messaggi
Inserito il - 03 marzo 2010 : 12:19:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di grely21 Invia a grely21 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
si, ho letto...grazie mille...però il mio esercizio dice di individuare con blast la proteina la cui sequenza è massimamente simile alla sequenza predetta da genscan(nel punto precedente ) e di scaricarmela in formato FASTA.Mi aiuteresti a capire questo punto?In questo caso quale database va usato e perchè?
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1724 Messaggi
Inserito il - 03 marzo 2010 : 16:12:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Bè...diamo un occhio assieme...
Peptide Sequence Databases
* nr
All non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF
Qui ci sono le proteine delle maggiori banche dati

* refseq
RefSeq protein sequences from NCBI's Reference Sequence Project.
Qui solo quelle di refseq, che sono incluse anche nel precedente

* swissprot
Last major release of the SWISS-PROT protein sequence database (no updates).
Qui solo swissprot, che sono incluse anche nel precedente

* pat
Proteins from the Patent division of GenPept.
mmm...onestamente non so cosa sia

* pdb
Sequences derived from the 3-dimensional structure from Brookhaven Protein Data Bank.
al solito...solo pdb

* month
All new or revised GenBank CDS translation+PDB+SwissProt+PIR+PRF released in the last 30 days.
solo le ultime degli ultimi 30 giorni

* env_nr
Protein sequences from environmental samples.
campioni ambientali(!?)

Visto che non sai che proteina è io userei il primo, in quanto più ampio
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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