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grely21
Nuovo Arrivato
70 Messaggi |
 Inserito il - 03 marzo 2010 : 01:23:47
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Ciao a tutti.Vorrei un aiuto su una cosa che non capisco.In blast quando bisogna scegliere il database ce ne sono di vari tipi(non redundant, swissprot...).Qual'è la differenza?In base a cosa devoscegliere se usare l'uno l'altro?per es. ho una sequenza ,la incollo e poi??Per favore, è una sciocchezza ma non capisco come fare...
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
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grely21
Nuovo Arrivato
70 Messaggi |
Inserito il - 03 marzo 2010 : 12:19:17
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| si, ho letto...grazie mille...però il mio esercizio dice di individuare con blast la proteina la cui sequenza è massimamente simile alla sequenza predetta da genscan(nel punto precedente ) e di scaricarmela in formato FASTA.Mi aiuteresti a capire questo punto?In questo caso quale database va usato e perchè? |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 03 marzo 2010 : 16:12:52
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Bè...diamo un occhio assieme...
Peptide Sequence Databases
* nr
All non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF
Qui ci sono le proteine delle maggiori banche dati
* refseq
RefSeq protein sequences from NCBI's Reference Sequence Project.
Qui solo quelle di refseq, che sono incluse anche nel precedente
* swissprot
Last major release of the SWISS-PROT protein sequence database (no updates).
Qui solo swissprot, che sono incluse anche nel precedente
* pat
Proteins from the Patent division of GenPept.
mmm...onestamente non so cosa sia
* pdb
Sequences derived from the 3-dimensional structure from Brookhaven Protein Data Bank.
al solito...solo pdb
* month
All new or revised GenBank CDS translation+PDB+SwissProt+PIR+PRF released in the last 30 days.
solo le ultime degli ultimi 30 giorni
* env_nr
Protein sequences from environmental samples.
campioni ambientali(!?)
Visto che non sai che proteina è io userei il primo, in quanto più ampio |
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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database di Blast
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