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Bely
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 Inserito il - 04 marzo 2010 : 08:33:40
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Ciao ragazzi,
avrei bisogno di un parere da chi tra voi ha un po' di esperienza con HADDOCK (protein-protein docking).
Ho fatto il docking di diversi complessi per cercare di confermare i dati sperimentali (i quali ci direbbero che alcuni di questi effettivamente esistono, altri no, ma non si sa nulla sull'interfaccia per cui l'ho predetta in tutti i casi con il loro server WHISCY).
Le condizioni di partenza sono le stesse, ovvero al server ho dato lo stesso allineamento di sequenza proprio tra le varie sequenze delle proteine che sto analizzando, cambiando ovviamente solo la prima riga dell'allineamento cioè mettendo in prima riga la struttura in oggetto.
Ora, in uno dei complessi che sperimentalmente NON dovrebbe esistere, ho ottenuto in uno dei risultati un più basso HADDOCK score  , però mi chiedevo: per confrontare, è sensato dire che faccio la cluster analysis con lo stesso cutoff? Perché se su questo complesso "sbagliato" faccio la cluster analysis, devo aumentare di parecchio il cutoff (da 4 a 9 Angstrom) per far comparire la struttura 1 (quella che sarebbe la migliore)...
qualcuno ha un'idea del significato di questo risultato?
grazie :)
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HADDOCK: cluster analysis
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