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alessia1990
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
 Inserito il - 14 marzo 2010 : 15:31:03
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salve ragazzi ho una domanda da porvi: semplice ma al momento senza soluzione :-(
Immaginiamo di avere una sequenza di mRNA (es gene pds). In genebank ho informazioni sulla proteina, cds.....
Ora la mia domanda č: quanti esoni ha il gene pds????
Controllando il cds so il numero e la posizione degli esoni, ma ho solo un esone grande 1700 bp (gene totale č 2000), come č possibile???? non mi sembra vero che il gene sia costituito da un solo esone visto che in altre specie (es arabidopsis, topo,...) il gene ha 13 esoni piccoli
per favore qualcuno mi illumini anche su programmi che potrebbero aiutarmi a capire e rispondere ai miei dubbi
grazie
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fideb
Nuovo Arrivato
Cittą: Potenza
54 Messaggi |
Inserito il - 14 marzo 2010 : 17:21:08
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| Per gene pds intendi prenil-difosfato sintasi?Per quale organismo ti serve la divisione in esoni di questo gene?cmq prova a vedere in questo sito http://genatlas.medecine.univ-paris5.fr/ se č presente il gene che cerchi... |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 marzo 2010 : 12:34:31
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Giį, a quale gene ti riferisci esattamente? E in quale organismo? Ce ne sono tanti che corrispondono a 'pds', ma nessuno in arabidopsis o mus musculus.
Controlla di star guardando le annotazioni per lo stesso gene e non per due subunitį differenti. Inoltre, un gene puó avere piu' di un trascritto, per via dello splicing alternativo, quindi assicurati di non star guardando ad un trascritto invece che al record del gene.
Per informazioni come queste io preferisco utilizzare Ensembl, dove é piu' semplice visualizzare il numero di esoni e la struttura dei transcritti.
- ricerca di prenyl diphosphate synthase su ensembl
- PDSS2
Potresti perfino utilizzare Wolfram Alpha (anche se non é molto chiaro quali siano le fonti per le annotazioni)
- http://www.wolframalpha.com/input/?i=pdss1+gene
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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alessia1990
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
Inserito il - 18 aprile 2010 : 15:46:21
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scusate il mio ritardo nella risposta....il mio problema č sorto nel momento in cui cerco per dei geni partendo dall'mRNA.
Per alcune sequenze non mi dą nessuna informazione sull'inizio-fine degli esoni.....in questo caso vuol dire che non so ancora nulla??? Ad esempio per il gene LOX di orzo
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/62867564?from=165&to=2900&report=gbwithparts)pur avendo l'mRNA non so l'esatta posizione di tutti gli esoni.....come posso fare? |
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numero di esoni di un gene [era: domanda semplice]
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