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Discussione

Cosmide
Nuovo Arrivato

4 Messaggi

Inserito il - 12 luglio 2006 : 17:19:42

Salve a tutti, luned� ho l'esame di biotecnologie molecolari ed essendo studente lavoratore non ho avuto modo di poter seguire i laboratori per cui ora mi trovo a dover affrontare la parte di bioinfo e dopo ore spese a cercare di capire i vari programmi affido le mie speranze a voi del forum...

Che differenza c'� tra fasta e blast? Se non ho capito male dovrebbero entrambi essere programmi che mi premettono di calcolare appaiamenti teorici tra le mie sequenza e quelle in banca dati, darmi le sequenze (sia dna che proteine) ma allora se fanno la stessa cosa.. quando usarli? Che vantaggi hanno uno rispetto all'altro?

Altro domandone da non addetto ai lavori: per disegnare i primer ci sono due programmi (se non ho capito male io) OLIGO e l'altro � OLIGOS... quando usarli e che differze hanno?

Mi scuso in anticipo se sono gi� state postate queste domande, spero di non avervi annoiato con la mia ignoranza.
Grazie a tutti per l'aiuto.

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2006 : 12:01:52

Ciao Cosmide, abbi pazienza ma ti chiederei di dare un'occhiata alla funzione Cerca del forum perche' questi argomenti ormai sono stati trattati piu' e piu' volte qua dentro.

Per la prima domanda ti direi di dare un'occhiata su wikipedia o su google (una query tipo "http://www.google.it/search?q=comparison+between+blast+fasta" o "http://www.google.it/search?q=which+are+the+main+differences+between+blast+and+fasta"); per la seconda invece, non ho capito a queli programmi ti riferisci; ma per caso vieni da questo corso qui: http://www.sti.uniurb.it/bogliolo/didattica/bioinfo/ ?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

Cosmide
Nuovo Arrivato

4 Messaggi

Inserito il - 13 luglio 2006 : 18:56:58

grazieeeeee

a volte quello che serve � la giusta chiave di ricerca e grazie alla tua ho trovato il manuale sia di blast che di fasta in italiano e grazie all'altro sito del corso di urbino ho trovato pure la demo di oligo.. ho 3 giorni per imparare ad usare questi programmi ma credo di potercela fare.

Sei stato veramente una manna dal cielo!

Ti ringrazio ancora per l'aiuto!

Scusami per il "cerca" ormai tra lavoro e studio sto proprio fuso

... ora mi metto subito a spippolare...