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Ricciola
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
 Inserito il - 28 aprile 2010 : 09:34:09
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Ciao!
che voi sappiate esiste un programma per disegnare primers non su una sequenza ma su un allineamento di sequenze?
grazie per l'aiuto
ciao e buon lavoro
Ricciola
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
 Inserito il - 28 aprile 2010 : 09:40:53
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| cioé? che cosa vuoi amplificare, esattamente? |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Ricciola
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
Inserito il - 28 aprile 2010 : 10:34:01
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| devo disegnare dei primers interni ma non ad una sequenza, ma usando come input un allineamento di più sequenze esiste qualche programma che lo fa? |
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Vanilla Sky
Utente Junior
204 Messaggi |
Inserito il - 28 aprile 2010 : 10:47:36
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Ciao!!Guarda io uso eBioX perchè ho un mac, ma sono sicura che anche BioEdit (che gira sui Windows) abbia la stessa funzione.
Mi sono allineata le mie sequenze (come vedi sono una trentina) e nell'ultima riga in basso, evidenziato con un colore tendente al grigio, ti compare la sequenza risultante dall'allineamento, che puoi utilizzare come primer (ovviamente se c'è una buona omologia di sequenza come nel caso che ti ho riportato).
Immagine:
397,73 KB
Spero di esserti stata utile! |
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Ricciola
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
 Inserito il - 28 aprile 2010 : 11:04:58
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grazie!
provo a rompermi un po' la testa con bioedit e poi se (e sicuramente li avrò) dei problemi tornerò a rompere le scatole a te ;-)
grazie!
buona giornata
Ricciola |
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Ricciola
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
 Inserito il - 29 aprile 2010 : 14:46:12
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ok è andata con Bioedit :-)
è possibile farsi anche calcolare automaticamente la % di divergenza nucleotidica sulle sequenze allineate prese a due a due?
buona giornata
Paola |
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Vanilla Sky
Utente Junior
204 Messaggi |
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Gst
Utente Junior
Prov.: Roma
Città: Ariccia
143 Messaggi |
Inserito il - 02 maggio 2010 : 17:23:16
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Scusate l'ignoranza -.-
ma dove posso reperire bioedit? |
Ascoltami con gli occhi... |
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Vanilla Sky
Utente Junior
204 Messaggi |
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Ricciola
Nuovo Arrivato
38 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2010 : 09:53:40
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Grazie!!!!
mi sei di grande aiuto mi metto subito al lavoro per evolvermi bioinformaticamente ;-)
Buon inizio di settimana
Paola |
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Disegnare primers su allineamento di sequenze
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