Disegnare primers su allineamento di sequenze

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Ricciola
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2010 : 09:34:09

Ciao!
che voi sappiate esiste un programma per disegnare primers non su una sequenza ma su un allineamento di sequenze?

grazie per l'aiuto
ciao e buon lavoro
Ricciola

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2010 : 09:40:53

cioé? che cosa vuoi amplificare, esattamente?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

Ricciola
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2010 : 10:34:01

devo disegnare dei primers interni ma non ad una sequenza, ma usando come input un allineamento di più sequenze esiste qualche programma che lo fa?

Vanilla Sky
Utente Junior

204 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2010 : 10:47:36

Ciao!!Guarda io uso eBioX perchè ho un mac, ma sono sicura che anche BioEdit (che gira sui Windows) abbia la stessa funzione.
Mi sono allineata le mie sequenze (come vedi sono una trentina) e nell'ultima riga in basso, evidenziato con un colore tendente al grigio, ti compare la sequenza risultante dall'allineamento, che puoi utilizzare come primer (ovviamente se c'è una buona omologia di sequenza come nel caso che ti ho riportato).

Immagine:

397,73 KB

Spero di esserti stata utile!

Ricciola
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 28 aprile 2010 : 11:04:58

grazie!
provo a rompermi un po' la testa con bioedit e poi se (e sicuramente li avrò) dei problemi tornerò a rompere le scatole a te ;-)

grazie!
buona giornata
Ricciola

Ricciola
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 29 aprile 2010 : 14:46:12

ok è andata con Bioedit :-)

è possibile farsi anche calcolare automaticamente la % di divergenza nucleotidica sulle sequenze allineate prese a due a due?

buona giornata
Paola

Vanilla Sky
Utente Junior

204 Messaggi

Inserito il - 30 aprile 2010 : 19:25:34

Ciao!!Dunque per calcolare la % di similarità tra due sequenze uso sempre "Needleman-Wunsch Global Sequence Alignment Tool" che puoi trovare qui:

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=blastn&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC=GlobalAln&LINK_LOC=BlastHomeLink

Immetto le due sequenze che voglio comparare, clicco su "Align" e dopo qualche secondo o massimo un minuto, mi indirezzerà verso un'altra pagina dove al fondo troverai parametri come "Identities" e "Gaps".

Magari si potrà anche fare con BioEdit...ma sono un pò ignorante in materia!
Se ti può interessare ho trovato un manuale gratuito di BioEdit a questo indirizzo:
www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/BioDoc.pdf (dando una rapidissima occhiata ho notato che da pag 106 spiega i vari metodi di allineamento BLAST, ClustalW...)
Spero di esserti stata un pò d'aiuto!

Gst
Utente Junior

Prov.: Roma
Città: Ariccia

143 Messaggi

Inserito il - 02 maggio 2010 : 17:23:16

Scusate l'ignoranza -.-

ma dove posso reperire bioedit?

Ascoltami con gli occhi...

Vanilla Sky
Utente Junior

204 Messaggi

Inserito il - 02 maggio 2010 : 18:41:16

Ciao, lo puoi scaricare da qui:
http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

Trovi altre informazioni qui:
http://www.zooplantlab.btbs.unimib.it/index.php/it/risorse-bioinformatiche/46-software-consigliati-da-zpl/71-bioedit

Citazione:
Bioedit è un editor di sequenze con molte funzioni utili per analisi di biologia molecolare (i.e. allineamento; ricerche BLAST; disegno di plasmidi; mappe di restrizione, visione di elettroferogrammi).

Il software è libero, al sito sottoindicato e lavora in ambiente PC.

Ricciola
Nuovo Arrivato

38 Messaggi

Inserito il - 03 maggio 2010 : 09:53:40

Grazie!!!!
mi sei di grande aiuto mi metto subito al lavoro per evolvermi bioinformaticamente ;-)

Buon inizio di settimana
Paola

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