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Nirvangirl
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80 Messaggi
Inserito il - 08 maggio 2010 : 16:45:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Nirvangirl Invia a Nirvangirl un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve da pochissimo sto affrontando l'esame di Bioinformatica all'università e il prof ci ha dato da fare un esercitazione per casa sull'utilizzo del programma Genescan.
La domanda dell'esercitazione è la seguente:
Utilizzando la sequenza genomica che ti abbiamo fornito, esegui una predizione di geni con genescan. Quanti esoni vengono predetti?

Non riesco a riconoscere questi esoni.
Non so se devo mettere qualche parametro particolare per poterli visualizzare.
Qualcuno mi potrebbe spiegare come si fa? dovrei consegnarla entro domani please!!!
Purtroppo non riesco ad allegare l'immagine della mia predizione e Vi lascio la sequenza che dobbiamo usare per eseguire la predizione:


>genomic_seq
TCTGTTCTGGAGGATTTTTAGGGTTCCCACTAGCATATGTAATGGTTTCTGAACTATTCA
GAATCAGAGAAAACTCATTTTTCCTGCTTTCAAGAAGCTACTGTATGCCAGGCACCATGC
ACAAACAATGACCAACGTAAAATCTCTCATTTTGGAGAGCCTGGAATCTAACTGGAAAGG
TGAACTAATAATAATAATATGTACAATCATAGCCATCATTTATTAAACTTTTATTATATG
CAAGGCACTGTTTAATTTCATTAGCTTACCTGGTTTACAGAGCAGCTCTATGAGATGAGT
GCCATCTTTGCCCCTATTTTAGGGATAAGGATTCTGAAATGTGGAGATGGTAAGTAAAAT
TGCACAACTGAAGAATGAGTTACATGACTTGGCTCAAATACTGGTCATTGAACTCCAGAG
CCTGAATATTCTTAACCACTTACATGATGCAAGCTCACCAAATAAATAGTTCGAATGTAT
TGTGACAGAGCGGCATTGATATTCATCTATTCATGTGGCTTTGAGTAGGAAGAAGAAAGG
ATATCATTCTGACCAGAGGGGTGAAAAACAACCTGCATCTGATCCTGAGGCATAATACTA
TTAACACAATTCTTTTATGTTTCAGTTCGATGAATTTAAACCTCTTGTGGAAGAGCCTCA
GAATTTAATCAAACAAAATTGTGAGCTTTTTGAGCAGCTTGGAGAGTACAAATTCCAGAA
TGCGTAAGTAATTTTTATTGACTGATTTTTTTTATCAATTTGTAATTATTTAAGACTTAA
TATATGAGCCACCTAGCATAGAACTTTTAAGAATGAAAATACATTGCATATTTCTAATCA
CTCTTTGTCAAGAAAGATAGGAGAGGAGAGATAAAATAGTTGATGGGGTGGAGAGGTCTA
TATTTGAATGTAGTCTAAAAATTGTTCTCTTAAGATTGGAAGTATGTAGGCTGGGAGGGT
AAATACCAAATCTTGGTATATCAGAACTGAGCATGTCCCTTGAAGGTTAAGAAATAGTTA
ATGGGCAAATAGAGCATGGCAATATTTTGTAGAGCAGCAAGTAGTAGGCCTTGAATAGAT
GTCGCTCAAAAAGTAATATGTAAGCTGAACACAAAAATGTAACAAATGAATTTAGATACA
TATTTGAATATTAAATTCAGGTTGTTTGGGAGATGCACCTAGTCTTTGATGGTTAAACCT
TTCCCTCCATAGAAGAGACAGAGACAGAATGGCTTGCTGGACTAATGTCCCAATTCAATA
GAGTCTTATCTATGAAGGTTAAAAACAAGAAGAGACATATTATACAGTAGATATTTATTG
TGTGGCTCATACACATGGTGCTCTTCTGATTATGGATTTTAGAGATAATAACAGTGAACA
AGACATAGTTTCTTTCCTCGAGTAGATTAAAGTCATACATTGACTTTTAATGGTGACTGG
CATTCTTAATACATGATTATTATATATTAGGTACCATGTCAGATTAATTATAATACTTTA
CTACTTTTAATTTAACCCTTGAACTATCCCTATTGAGTCAGATATATTTCCTTCCATTTT
CTACTTGTATCTTTCAAGTTTAGCATATGCTGATACATATGAAGCTCTCTCCAGGTTTTA
TTGAAAGAAGAAATTAATAAATTTATTAATGTCACTGAATTAGGCAACTCACTTTCCCAA
GATTATGCAAGTGGTACAGGTGGAACTCAAAGCCAAGTTTAACTAGTTGTTCAGGAGAAT
GTTTTCTACCCTCCACTAACCCACTACTCTGCAGATGGAGATAATATGATGAATGGAACA
TAGCAACATCTTAGTTGATTCCGGCCAAGTGTTCTCTGTTTTATCTACTATGTTAGACAG
TTTCTTGCCTTGCTGAAAACACATGACTTCTTTTTTTCAGGCTATTAGTTCGTTACACCA
AGAAAGTACCCCAAGTGTCAACTCCAACTCTTGTAGAGGTCTCAAGAAACCTAGGAAAAG
TGGGCAGCAAATGTTGTAAACATCCTGAAGCAAAAAGAATGCCCTGTGCAGAAGACTATG
TGAGTCTTTAAAAAAATATAATAAATTAATAATGAAAAAATTTTACCTTTAGATATTGAT
AATGCTAGCTTTCATAAGCAGAAGGAAGTAATGTGTGTGTGTGCATGTTTGTGTGCATGT
GTGTGTGCATGCACGTGTGTGTATGTGTGATATTGGCAGTCAAGGCCCCGAGGATGATAA
TTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTTTGTTGTCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTG
CCATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCCAT

Nirvangirl
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80 Messaggi
Inserito il - 08 maggio 2010 : 16:57:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Nirvangirl Invia a Nirvangirl un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Questa è la mia predizione (spero di averla fatta bene).Mi sembra di capire che il numero di esoni si evince da Gn.Ex dove sta scritto 01 e 0.2 quindi gli esoni sono 2? o ho capito male?

GENSCAN 1.0 Date run: 8-May-110 Time: 16:57:59

Sequence genomic_seq : 2324 bp : 35.89% C+G : Isochore 1 ( 0 - 43 C+G%)

Parameter matrix: HumanIso.smat

Predicted genes/exons:

Gn.Ex Type S .Begin ...End .Len Fr Ph I/Ac Do/T CodRg P.... Tscr..
----- ---- - ------ ------ ---- -- -- ---- ---- ----- ----- ------

1.01 Intr + 626 723 98 1 2 95 85 103 0.935 8.59
1.02 Intr + 1901 2039 139 2 1 87 73 87 0.603 6.65

Predicted peptide sequence(s):


>genomic_seq|GENSCAN_predicted_peptide_1|79_aa
FDEFKPLVEEPQNLIKQNCELFEQLGEYKFQNALLVRYTKKVPQVSTPTLVEVSRNLGKV
GSKCCKHPEAKRMPCAEDY
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Nirvangirl
Nuovo Arrivato


Prov.: NA


80 Messaggi
Inserito il - 09 maggio 2010 : 17:55:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Nirvangirl Invia a Nirvangirl un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ragazzi io in definitiva direi che sono 2 gli esoni.dico bene?
Qualcuno risponda che devo inviare l'esercitaz al prof
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dallolio_gm
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2445 Messaggi
Inserito il - 12 maggio 2010 : 20:57:29  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi sembra corretto. Cosa dice il manuale di genscan?
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Nirvangirl
Nuovo Arrivato


Prov.: NA


80 Messaggi
Inserito il - 25 maggio 2010 : 12:34:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Nirvangirl Invia a Nirvangirl un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non lo conosco mi dispiace.Cmq grazie per la risposta.
ma tu per caso hai studiato le Immagini digitali? (es: il programma imageJ,la profondità di un'immagine,il contrasto,i livelli di grigio ect)??? o magari sai dove posso trovare del materiale?
Perchè mi devo scrivere una relazione da portare al prof e discuterla all'esame.grazie
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 25 maggio 2010 : 22:59:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
L'unica cosa che ti può veramente essere di aiuto in questi casi é la documentazione. Probabilmente la trovi nello stesso posto in cui hai scaricato il programma, o forse l'hai già scaricata quando lo hai installato.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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