Dubbi albero filogenetico NJ

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Discussione

qxc
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9 Messaggi

Inserito il - 15 giugno 2010 : 17:01:46

Salve a tutti..ho necessit� di comprendere il seguente albero filogenetico creato con Bioedit (purtroppo devo usare per froza quel programma nono ho scelta).

L'albero � il seguente:


.....................................

   8 Populations

Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.6a2.1


 Neighbor-joining method

 Negative branch lengths allowed


  +--gi|1934348
  ! 
  ! +--gi|1951822
  ! ! 
  3-4   +gi|1934351
  ! ! +-1 
  ! ! ! +gi|1934350
  ! +-5 
  !   !   +----gi|1595244
  !   ! +-2 
  !   +-6 +-----gi|1215923
  !     ! 
  !     +--gi|1951824
  ! 
  +-gi|1215922


remember: this is an unrooted tree!

Between        And            Length
-------        ---            ------
   3          gi|1934348      0.04176
   3             4            0.00288
   4          gi|1951822      0.04127
   4             5            0.00288
   5             1            0.03413
   1          gi|1934351      0.01173
   1          gi|1934350      0.01007
   5             6            0.00165
   6             2            0.03083
   2          gi|1595244      0.08010
   2          gi|1215923      0.09950
   6          gi|1951824      0.04557
   3          gi|1215922      0.03464


.....................................

Chiedo conferma (scusate le mie lacune) delle seguenti asserzioni:

1)Esiste forte relazione evolutiva tra gi|1934351 e gi|1934350
2)Esiste meno forte relazione evolutiva tra gi|1595244 e gi|1215923
3)Esiste "debole" relazione evolutiva tra gi|1934348 e gi|1215922 (in pratica le due estremit�)
4)Non esiste relazione evolutiva tra gi|1934351 e gi|1215922

Sono secondo voi correte le mie osservazioni, oppure tra gi|1934351 e gi|1215922 esiste comunque un
rapporto in temini filogenetici anche se non marcato?

Come debbo interpretare il tutto?

Grazie come sempre

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 16 giugno 2010 : 13:16:51

Non mi piace molto la espressione 'forte/debole relazione evolutiva'. Non � chiaro cosa intendi per 'relazione', e perch� usi questo termine.

A parte questo, credo che l'albero diventerebbe molto piu' significativo se tu aggiungessi un outgroup all'analisi. Potresti prendere la sequenza di un organismo molto distante filogeneticamente da quelli analizzati, e poi fare il confronto rispetto a quello.
Per esempio, se le sequenze che hai analizzato sono tutte di primati, potresti prendere la sequenza di topo e utilizzarlo come punto di controllo comune. E' molto piu' chiaro dire 'le sequenze H. sapiens e chimpanzee sono molto vicine filogeneticamente, rispetto alla distanza di ognuna alla sequenza del topo'. In ogni caso, quando fai dei confronti, � sempre meglio avere un punto di confronto comune, e parlare sempre di tre sequenze alla volta piuttosto che due.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)