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valei
Nuovo Arrivato
11 Messaggi |
 Inserito il - 19 luglio 2010 : 18:06:55
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Ciao,
qualcuno mi sa spiegare come utilizzare lift over? Il mio problema e' convertire gli ID ensembl da una release ad un altra. Grazie.
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 20 luglio 2010 : 09:53:39
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| Non l'ho mai sentito pero' se impari ad usarlo tienici aggiornati. Un programmino simile e' di una utilita' notevole. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 20 luglio 2010 : 11:06:39
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Immagino che faccia riferimento a questo tool di UCSC:
- http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver
purtroppo si tratta di un programma per convertire coordinate genomiche di una release del genoma di NCBI ad un'altra. Per convertire gli id di ensembl, dovresti prima convertire le coordinate genomiche dei geni corrispondenti agli id, e poi ritornare a cercare quali id si trovano nelle stesse coordinate. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Lift Over
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