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dona.dona
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 Inserito il - 11 agosto 2010 : 13:39:59
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ciao a tutti ragazzi :)
come state?
mi chiamo donatella e mi sono appena iscritta perchè ho un problema serio...
mi devo laureare in biologia a settembre e il mio professore ha pensato di completare la tesi con degli alberi filogenetici.
questi alberi servono a dimostrare che la sequenza codificante il gene EPSP sintasi (enzima target del pesticida glifosato) non è allineabile in tutti i cianobatteri presi in esame durante i nostri esperimenti.
abbiamo infatti esaminato 40 ceppi di cianobatteri, di questi un gruppo di 6 ha un comportamento totalmente differente rispetto alla quasi totalità dei rimanenti.
I 6 diversi dagli altri risultano essere resistenti al pesticida glifosato(e hanno struttura dell'EPSP sintasi monomerica). La quasi totalità degli altri ceppi risulta essere sensibile al pesticida glifosato e avente una struttura dimerica dell'enzima EPSP sintasi.
questi risultati hanno indotto il professore a concludere che le sequenze dell'EPSP sintasi dei ceppi resistenti(quei 6) non sono allineabili con le sequenze di tutti gli altri e quindi ciò implica che la sequenza codificante il gene dell'EPSP sintasi sia stata trasferita a quei 6 in maniera orizzontale da qualche altro organismo che non sia un altro cianobatterio (probabilmente da un batterio). per questa ragione devo fare 2 alberi. 1 su 2 mi è venuto.
il primo albero è un blast fatto esclusivamente con cianobatteri, in cui si vede chiaramente una grande distanza tra i 6 ceppi resistenti-monomerici e tutti gli altri sensibili-dimerici.
il problema serio è il secondo albero!!!!
in questo secondo albero infatti, il prof vuole che oltre ai cianobatteri vengano inseriti anche i batteri in maniera che si possa vedere come i 6 ceppi resistenti-monomerici siano molto più vicini ai batteri che non ai cianobatteri.
sono circa 12 ore che sto provando e riprovando ma mi viene sempre fuori un albero con soli tre rami oppure un albero con solo i batteri reistenti o solo quelli sensibili!
per questa ragione Vi chiedo aiuto.
qualcuno sa come fare un albero filogenetico in cui ci siano organismi appartenenti a specie diverse? io sto usando questo sito:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi,
gli step che faccio sono i seguenti:
-clicco su protein blast(ho accession number relativi a sequenze proteiche)
-si apre una pagina nuova in cui c'è una grande casella bianca dove dice "Enter Query Sequence". in questa casella metto il mio accession number di uno dei 6 ceppi resistenti-monomerici.
- a questo punto ho 2 possibilità:
a)scendo un pò più giù dove dice "organism" e scrivo cyanobacteria, poi clicco sull'opzione "+" sulla stessa riga e posso aggiungere un altro tipo di organismo e quindi scrivo "bacteria".
a questo punto scendo ancora più in basso e clicco slulla parla "BLAST". si apre una nuova pagina dove spunto tutti gli organismi, clicco su " Distance tree of results" e mi viene fuori l'albero.
il problema serio è che l'albero che viene fuori invece di far vedere tutti i cianobatteri (quindi sia quelli resistenti che quelli sensibili) fa vedere solo i cianobatteri sensibili /dello stesso gruppo quindi dell'accession number inserito. i batteri sono ok, cioè ce ne sono di tante specie diverse, i cianobatteri invece no :( non capisco proprio il perchè!!!!
oppure c'è un altra opzione:
b)dopo aver inserito l'accession number nella casellona "Enter Query Sequence" vado a spuntare "Align two or more sequences". in questa maniera si apre una seconda grande casellona e lì posso inserire l'accession number di più organismi, così io mi sono trovata l'accession number di 17 organismi (tra batteri e cianobatteri) e li ho messi in quella casellona.
poi anche in questo caso si scende fino all'opzione "BLAST" e come prima aprendosi una nuova pagina si spuntano tutti gli organismi usciti e si clicca su " Distance tree of results" e dovrebbe venire fuori l'albero. ma purtroppo niente!!!!viene fuori uno stranissimo albero con soli 3 rami :(:(
spero di avere scritto in modo chiaro.....scusatemi per tutta questa confusione e per la lunghezza del messaggio.....
spero davvero tantissimo che qualcuno di Voi sappia darmi qualche suggerimento...
Vi ringrazio tutti per aver letto e avermi dedicato il vostro tempo:):)
ciao a tutti:):)
dona
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dona.dona
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 14 agosto 2010 : 14:28:26
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ciao ragazzi!!!!:):):) ho risolto!!!!!!
per errore è saltato fuori l'albero giusto!!!
basta non spuntare gli organismi subito dopo aver lanciato il comando del blast!!!!!
viene fuori un albero completo con tutti i rami di tutti gli organismi inseriti!!!!!!
ciao a tutti:):):)
dona |
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chick80
Moderatore
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dona.dona
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 14 agosto 2010 : 17:13:06
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niente:) spero sia davvero utile a qualcun altro:):)
nei prossimi giorni, con un pò di più tempo, scrivo i vari step in maniera chiara:)
avevo provato ad inserire anche come allegato l'immagine della pagina web con i vari step ma nn ci sono riuscita.....
comunque oggi sono di corsissima ma da lunedì scrivo bene tutti i vari step:):)sperando possano essere utili a qualche altro studente in futuro:):)
a prestissimo e grazie a Voi per questo bellissimo e tanto utile sito:):)
buona festa dell'Assunta a tutti:):):)
dona:) |
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Alberi filogenetici con organismi di specie diverse?
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