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Smichel
Nuovo Arrivato
36 Messaggi |
 Inserito il - 11 settembre 2010 : 18:59:40
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Salve a tutti,
Ho una emergenza.
lunedì devo consegnare la tesi e mi sono accorto che dalle correzioni del mio relatore è saltato fuori che in una sequenza da noi identificata sono presenti delle lisine soggette a probabile glicosilazione.
Il mio problema è che non so quali siano queste lisine perchè non sono marcate sulla mia sequenza.
Ora vi chiedo se conoscete un software che identifica le le lisine che possono essere soggette a glicosilazione (credo N glicosilazione) dandogli la sequenza amminoacidica.
Oppure conoscete una sequenza consenso per la glicosilazione delle lisine, tipo quella per l'aparagina che è Asn-X-S/T?
Ho parecchia fretta percui vi prego aiutatemi!!!
Grazie a tutti.
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AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 11 settembre 2010 : 23:11:13
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che io sappia, non ci sono metodi affidabili per prevedere o-glico (non esite o almeno non e' nota una sequenza target che viene glicosilata)
se vai sull'expasy, dei tool per predire queste glicosilazioni come O-GlcNAc predictor o mucin-type O-glycosylation... ma tieni sempre conto conto che sono poco affidabili, e spesso danno risultati senza senso. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 settembre 2010 : 18:51:55
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Quello che dice AleXo è corretto, è molto piú difficile predirre O-glycosylazione o altre forme di glycosylazione che non siano N-linked.
La tua proteina è una proteina di membrana o sintetizzata nell'ER? Perchè se non lo è, se viene tradotta e foldada nel citosol, è improbabile che sia O-glycosylata. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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