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morgana83
Nuovo Arrivato
44 Messaggi |
 Inserito il - 15 settembre 2010 : 10:14:26
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Ciao a tutti. Ho un problema nel reperire la voce che mi da informazioni sulla lunghezza di una sequenza esonica/intronica di un determinato gene. Qualcuno saprebbe spiegarmi i passaggi? Entrando nel codice d'accesso di un gene infatti, ho la lunghezza del CDS ma non riesco a trovare quella esonica o intronica. Dove si trova?
Un altro dubbio: se CDS č la sequanza codificante, e gli esoni sono anch'essi codificanti (anche se non tutti), le due cose corrispondono? Tra l'altro, continuano ad apportare modifiche su NCBI e questo mi confonde ancora di pių
Grazie a tutti quelli che mi risponderanno
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 15 settembre 2010 : 18:47:31
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Come dici pure tu, non tutti gli esoni sono codificanti. Gli esoni per definizione corrispondono alla parte del trascritto che viene mantenuta nell'mRNA, il trascritto maturo. Questo perķ contiene, oltre che alla regione codificante, anche le sequenze 5'UTR e 3'UTR che non vengono tradotte.
Per l'altra domanda che hai fatto, che cosa vuoi sapere esattamente? Per navigare struttura e isoforme di splicing io preferisco utilizzare ensembl (http://www.ensembl.org/index.html) piuttosto che NCBI. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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morgana83
Nuovo Arrivato
44 Messaggi |
Inserito il - 15 settembre 2010 : 19:16:11
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| Ciao, grazie per la risposta. Il nostro esame prevede l'utilizzo di NCBI, quindi utilizziamo solo quello...Dato un determinato gene, la prof. chiede di riportare la lunghezza della sequenza esonica (o intronica). Utilizzando il database "Gene", attraverso il codice del gene, posso risalire ad esempio alla lunghezza dell'mRNA, o del CDS...ma non so come trovare quella relativa agli esoni/introni! |
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GFPina
Moderatore
Cittā: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 16 settembre 2010 : 15:01:17
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Non so bene a cosa tu ti riferisca, comunque dalla pagina del gene, ad es. actina alfa-1 umana: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/58
puoi accedere alla sequenza genomica: NG_006672.1 RefSeqGene
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NG_006672.1?from=5000&to=7851&report=genbank
li trovi tutte le caratteristiche tra cui:
mRNA join(2..94,971..1111,1218..1542,1667..1828,1913..2104,
2196..2377,2456..>2852)
quindi puoi vedere la lunghezza di tutti gli esoni e introni, ad es. il primo esone č da 2 a 94, quindi sarā lungo 93bp....
hai anche le caratteristiche degli esoni singoli:
exon 2..94
/gene="ACTA1"
/gene_synonym="ACTA; ASMA; CFTD; CFTD1; CFTDM; MPFD; NEM1;
NEM2; NEM3"
/inference="alignment:Splign:1.39.8"
/number=1
exon 971..1111
/gene="ACTA1"
/gene_synonym="ACTA; ASMA; CFTD; CFTD1; CFTDM; MPFD; NEM1;
NEM2; NEM3"
/inference="alignment:Splign:1.39.8"
/number=2
e poi anche il CDS:
CDS join(983..1111,1218..1542,1667..1828,1913..2104,
2196..2377,2456..2599)
quindi vedi che la parte codificante parte da 983 che č all'interno del secondo esone.
Insomma puoi vederti tutte le lunghezze che vuoi! |
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morgana83
Nuovo Arrivato
44 Messaggi |
Inserito il - 16 settembre 2010 : 15:46:28
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| Grazie GFPina! Quello che mi confonde č che non ho capito se dobbiamo scrivere tutte le lunghezze degli esoni perchč secondo me la domanda č mal posta. Quindi per risalire agli introni devo calcolare dove si interrompe la sequenza dell'esone? ad esempio il primo introne va da 95 a 970...? |
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GFPina
Moderatore
Cittā: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 16 settembre 2010 : 15:56:14
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Beh sinceramente non so cosa voglia esattamente la tua prof.
comuque gli introni sono "il resto", tornando all'esempio di prima:
mRNA join(2..94,971..1111,1218..1542,1667..1828,1913..2104,
2196..2377,2456..>2852)
il primo esone va da 1 a 94, il secondo esone da 971 a 1111...
gli introni ovviamente stanno in mezzo, quindi il primo introne sarā da 95 a 970... |
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morgana83
Nuovo Arrivato
44 Messaggi |
Inserito il - 16 settembre 2010 : 16:12:12
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Si si, infatti c'ero arrivata, mi hai risposto mentre modificavo il messaggio
Grazie mille per l'aiuto! |
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Olimpia
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
Inserito il - 05 ottobre 2010 : 10:25:03
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| una volta trovato il gene nel db "gene" devi scegliere dal menų "display setting" la voce "gene table" che ti darā tutte le info di cui hai bisogno |
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