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Autore

Discussione

Flap
Utente Junior

172 Messaggi

Inserito il - 02 ottobre 2010 : 21:04:43

Perfavore, qualcuno saprebbe spiegarmi in che maniera posso trovare le coordinate del promotore di un gene( nel mio caso EGLN1 human ) usando il browser USCS? Grazie mille.

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 04 ottobre 2010 : 22:41:03

Purtroppo una definizione formale del concetto di 'promotore' non esiste, e per questo motivo non esiste un database o una annotazione di promotori di geni.
Questo vuol dire che non troverai mai la maniera di scaricare il 'promotore' di un gene su UCSC; quello che peró puoi fare, e che generalmente viene fatto in questi casi, è scaricare o ottenere le coordinate delle sequenze 100,000 bp upstream dell'inizio di ogni gene.

Per fare ció, credo che la maniera piú immediata sia tramite BioMart. Dacci una occhiata, devi selezionare Ensembl Genes 59 (Homo sapiens) come dataset, poi specificare i tuoi geni con "Gene/Id list limit" sotto Filters, e poi 'Flank/Genes' sotto sequences.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)