Forum

Nome Utente:
Password:
Riconoscimi automaticamente
 Tutti i Forum
 MolecularLab
 Bioinformatica
 Test di specificazione
 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
I seguenti utenti stanno leggendo questo Forum Qui c'è:

Aggiungi Tag Aggiungi i tag

Quanto è utile/interessante questa discussione:

Autore Discussione  

MB
Nuovo Arrivato



58 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2010 : 18:19:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MB Invia a MB un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti,

sto facendo un lavoro di comparazione tra dati osservati e predetti da alcuni softwares. Per farlo nel mio lab hanno sempre usato il metodo di regressione lineare e il parametro r..non solo anche in tutti i papers che ho letto. Ovviamente nessuno si è mai preoccupato di fare o almeno di scrivere se l'applicazione del modello lineare sia stato corretto o no. Dunqeu per scrupolo mi sono messo a valutare i presupposti. In particolare ho valutato:

media dei residui prossima a zero;
normalità dei residui con shapiro-wilk;
omoschedasticità con Breusch-Pagan;
autocorrelazione con Durbin-Watson.

Ho trovato questa scaletta su delle dispense su CRAN di Vito Ricci.

Ora..spesso capita che qualcuno di questi test venga significativo (quando non dovrebbe), nonostante valori di Rquadro o r o pearson altini.

esempio:

Osservato    Predetto
1.47	0.89
3.54	1.56
3.54	1.09
4.13	1.33
9.44	-2.86
9.44	-1.27
10.03	0.58
10.03	-0.48
11.79	-0.08
11.79	-2.19
12.97	-2.54
13.86	-2.79
15.04	-0.99
18.87	-2.23
22.11	-3.06
22.70	-1.52
23.59	-2.60
29.78	-3.19

ho fatto i test ottenendo (ho riportato solo i pvalue):

* Linear model summary
R-squared	[1] 0.769999
p-value	[1] 0.0001857291

* T-test for the mean
[1] 1

* Shapiro-Wilk test for residual distribution
[1] 0.8205446

* Breusch-Pagan test for homoscedasticity
        BP 
0.01812737 

* Durbin-Watson test for autocorrelation
[1] 0.004554093

Da qui vedo che c'è eteroschedasticità e autocorrelazione..ora
Come mi comporto?

Glubus
Utente Junior

pinolo



156 Messaggi

Inserito il - 29 novembre 2010 : 12:15:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Glubus Invia a Glubus un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
scusa la sottigliezza ma visti gli osservati e gli attesi l'ultimo problemi che mi farei sarebbero quelli della normalità, della omogeneità della varianza e della non autocorrelazione

Stefano


Citazione:
Messaggio inserito da MB

Salve a tutti,
sto facendo un lavoro di comparazione tra dati osservati e predetti da alcuni softwares. Per farlo nel mio lab hanno sempre usato il metodo di regressione lineare e il parametro r..non solo anche in tutti i papers che ho letto. Ovviamente nessuno si è mai preoccupato di fare o almeno di scrivere se l'applicazione del modello lineare sia stato corretto o no. Dunqeu per scrupolo mi sono messo a valutare i presupposti. In particolare ho valutato:

media dei residui prossima a zero;
normalità dei residui con shapiro-wilk;
omoschedasticità con Breusch-Pagan;
autocorrelazione con Durbin-Watson.

Ho trovato questa scaletta su delle dispense su CRAN di Vito Ricci.

Ora..spesso capita che qualcuno di questi test venga significativo (quando non dovrebbe), nonostante valori di Rquadro o r o pearson altini.

esempio:

Osservato    Predetto
1.47	0.89
3.54	1.56
3.54	1.09
4.13	1.33
9.44	-2.86
9.44	-1.27
10.03	0.58
10.03	-0.48
11.79	-0.08
11.79	-2.19
12.97	-2.54
13.86	-2.79
15.04	-0.99
18.87	-2.23
22.11	-3.06
22.70	-1.52
23.59	-2.60
29.78	-3.19

ho fatto i test ottenendo (ho riportato solo i pvalue):

* Linear model summary
R-squared	[1] 0.769999
p-value	[1] 0.0001857291

* T-test for the mean
[1] 1

* Shapiro-Wilk test for residual distribution
[1] 0.8205446

* Breusch-Pagan test for homoscedasticity
        BP 
0.01812737 

* Durbin-Watson test for autocorrelation
[1] 0.004554093

Da qui vedo che c'è eteroschedasticità e autocorrelazione..ora
Come mi comporto?

Torna all'inizio della Pagina

MB
Nuovo Arrivato



58 Messaggi

Inserito il - 29 novembre 2010 : 14:31:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MB Invia a MB un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao Globus,

cosa ci vedi? non badare al fatto che mentre l'uno sale l'altro scende, quello è perchè non guardano direttamente lo stesso parametro. Quelli osservati usano dei reporter per osservarlo, quindi fluorescenza..è una misura indiretta e come vedi inversamente correlata. Nel primo messaggio mi sono espresso male, non voglio vedere se i predetti si avvicinano quantitativamente agli osservati, voglio solo vedere se correlano..
Torna all'inizio della Pagina

Glubus
Utente Junior

pinolo



156 Messaggi

Inserito il - 29 novembre 2010 : 15:07:38  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Glubus Invia a Glubus un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ah,
adesso capisco, non è osservato ed atteso in senso statistico, ...
evidentemente i dati sono correlati, stai misurando anche se in modo diverso, uno stesso processo che genera i tuoi dati.
Non so se misurare la correlazione serva veramente: qui mi aspetterei che la correlazione sussita altrimenti uno dei due metodi di misurazione non servirebbe a nulla.
Per la correlazione non è necessario assumere normalità e tutte le belle cose necessarie per i modelli lineari.
come suggerimento: qui vedo (ad occhio) un problema di non linearità nella relazione, forse una retta non è la miglio scelta per interpolare i dati.
A margine: che software hai usato? (quel R^2 non mi torna)

Citazione:
Messaggio inserito da MB

ciao Globus,

cosa ci vedi? non badare al fatto che mentre l'uno sale l'altro scende, quello è perchè non guardano direttamente lo stesso parametro. Quelli osservati usano dei reporter per osservarlo, quindi fluorescenza..è una misura indiretta e come vedi inversamente correlata. Nel primo messaggio mi sono espresso male, non voglio vedere se i predetti si avvicinano quantitativamente agli osservati, voglio solo vedere se correlano..

Torna all'inizio della Pagina

MB
Nuovo Arrivato



58 Messaggi

Inserito il - 29 novembre 2010 : 15:41:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di MB Invia a MB un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
si, detto meglio, tu misuri quel parametro in vivo mediante fluorescenza, ecc., ma cmq una misura indiretta e alla fine inversamente proporzionale. Han fatto poi dei software che in base a varie assunzioni predicono (in silico) lo stesso parametro. Io voglio vedere se quelle previsioni almeno correlano con i dati sperimentali.

Ho usato R e lmtest per fare quei test. C'è un errore quello non è R quadro come ho scritto è semplicemente il coefficiente di correlazione r (la radice di Rquadro, o c. di Pearson) questo è il parametro che suano per dire il mio software predice bene o male. Conta anche che gli osservati sono fluorescenze relative, ovvero il valore corrispondente al mutante fratto lo wild-type, mentre i predetti sono in scala ln (quel software predice ln(mutante/wild-type) per come è stato fatto). Tutti gli altri software non si basano su algoritmi in scala ln, così ho lasciato com'è. Dici sarebbe opportuno tenere gli osservati in scala ln e rivalutare il modello lineare?

Grazie Globus
Torna all'inizio della Pagina
  Discussione  

Quanto è utile/interessante questa discussione:

 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
Vai a:
MolecularLab.it © 2003-18 MolecularLab.it Torna all'inizio della Pagina