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Ugo
Nuovo Arrivato


Prov.: Roma
Città: Colleferro


29 Messaggi

Inserito il - 26 settembre 2006 : 17:09:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ugo Invia a Ugo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti,
sto preparando l'esame di bioinformatica,purtroppo il materiale che ho è misero,ho provato anche a cercare su internet,ma con pochi successi..vorrei porvi qualche domanda a cui non sono riuscito a rispondere:
1)da cosa dipende principalmente l'accuratezza di un modello per omologia?E perchè?
2)Come si misura la significatività di un allineamento tra 2 sequenze?
3)Quali sono gli elementi basilari di un sistema threading?
4)quali sono le zone tipicamente meno attendibili di un modello per omologia?
5)Descrivi sinteticamente(ma con precisione) l'algoritmo dinamico per l'allineamento di 2 sequenze
6)Perchè psi-blast è più sensibile di blast?
7)Che differenza c'è tra la banca dati SWISS-PROT e la banca dati NR dell'NCBI?
8)Fai un esempio in cui è utile la dinamica molecolare


Lo so,le domande non sono poche,ma se qualcuno potesse aiutarmi,mi risolverebbe un po' di problemi..

Ps.l'idea del progetto appunti di bioinformatica sarebbe l'ideale x chi come me e sicuramente altri l'affrontano per la prima volta avendo a disposizione pochissimo materiale su cui studiare..

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 26 settembre 2006 : 19:07:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ehi ciao Ugo scusa se rompo.. ill fatto è che recentemente nel forum si è discusso sull'opportunità di rispondere direttamente a domande di esame presentate in serie, ossia in un unico topic come questo.

Sei sicuro di non riuscire a trovare niente su qeusti argomenti? Purtroppo in italiano di bioinformatica al momento si trova poco su Internet. Però potresti dare un'occhiata, non so, su answers.com o su clusty.com, o su qualche altro motore di ricerca. Tra l'altro mi sembra che un paio delle domande che hai fatto siano già state poste su questo forum.
Fai sapere se ti serve qualcosa di preciso..

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Ugo
Nuovo Arrivato


Prov.: Roma
Città: Colleferro


29 Messaggi

Inserito il - 26 settembre 2006 : 20:34:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ugo Invia a Ugo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho trovato materiale su questi argomenti,sono riuscito a rispondere a gran parte delle domande che avevo,queste sono quelle che mi hanno dato più problemi nella deduzione delle risposte anche se alcune credo di averle dedotte,almeno spero..è questo il problema,nessun argomento viene trattato in maniera esauriente tra il materiale che ho trovato,purtroppo credo sia a causa della materia,molto recente credo..riscriverò quelle domande alle quali credo di non riuscire proprio a capire..
1)da cosa dipende principalmente l'accuratezza di un modello per omologia?E perchè?
2)Descrivi sinteticamente(ma con precisione) l'algoritmo dinamico per l'allineamento di 2 sequenze
3)Perchè psi-blast è più sensibile di blast?
4)Che differenza c'è tra la banca dati SWISS-PROT e la banca dati NR dell'NCBI?


Grazie per i links che mi hai consigliato,ora ci do un'occhiata..
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 27 settembre 2006 : 17:46:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Ugo

Ho trovato materiale su questi argomenti,sono riuscito a rispondere a gran parte delle domande che avevo,queste sono quelle che mi hanno dato più problemi nella deduzione delle risposte anche se alcune credo di averle dedotte,almeno spero..è questo il problema,nessun argomento viene trattato in maniera esauriente tra il materiale che ho trovato,purtroppo credo sia a causa della materia,molto recente credo..riscriverò quelle domande alle quali credo di non riuscire proprio a capire..
naa, la bioinformatica non e' una materia recente.

Citazione:
1)da cosa dipende principalmente l'accuratezza di un modello per omologia?E perchè?

http://www.answers.com/accuratezza%20modeling%20omologia

Citazione:
2)Descrivi sinteticamente(ma con precisione) l'algoritmo dinamico per l'allineamento di 2 sequenze

http://www.answers.com/allineamento%20dinamico%20di%20sequenze

Citazione:
3)Perchè psi-blast è più sensibile di blast?

cos'e' psi-blast? ;)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/producttable.shtml#psi
http://www.answers.com/perche'%20psi-blast%20e'%20piu'%20accurato%20di%20blast

Citazione:
4)Che differenza c'è tra la banca dati SWISS-PROT e la banca dati NR dell'NCBI?

http://www.google.it/search?q=define%3Aswissprot
http://www.answers.com/what%20is%20the%20nr%20database%20ncbi

NR e' un database che contiene tutte le sequenze proteiche conosciute dei database indicati in http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/producttable.shtml#db , dopo aver eliminato quelle uguali (ridondandi).

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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UltraB
Nuovo Arrivato


Prov.: Roma
Città: Roma


4 Messaggi

Inserito il - 27 settembre 2006 : 20:17:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di UltraB Invia a UltraB un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao Ugo!
Io ho dato bioinforma a Tor Vergata, nel 2002. Trascrivo i miei appunti su pc, ma ora sono fuori città...ho visto che hai trovato un bel po' di risposte, ma appena torno a casa vedo di trovarli...magari ti possono essere cmq utili!
Buono studio!
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Ugo
Nuovo Arrivato


Prov.: Roma
Città: Colleferro


29 Messaggi

Inserito il - 27 settembre 2006 : 22:41:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ugo Invia a Ugo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Siete molto gentili,
grazie dallolio,domani darò un occhiata ai links che mi hai trovato,grazie anche a te UltraB,accetto volentieri i tuoi appunti,ho l'esame il 6 ottobre..spero di poter contraccambiare
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UltraB
Nuovo Arrivato


Prov.: Roma
Città: Roma


4 Messaggi

Inserito il - 02 ottobre 2006 : 16:10:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di UltraB Invia a UltraB un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cavoli...il 6 ottobre! Non sarò a Roma prima del 14!!!! qui ho solo il cd con le esercitazioni...cmq il 4 pomeriggio vedo di trovare nei cartacei le risp alle tue domande, almeno quello! Intanto buono studio.
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Ugo
Nuovo Arrivato


Prov.: Roma
Città: Colleferro


29 Messaggi

Inserito il - 03 ottobre 2006 : 13:44:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Ugo Invia a Ugo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora doppiamente grazie
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