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steffi85
Nuovo Arrivato
Prov.: Mantova
Città: castiglione delle stiviere
25 Messaggi |
 Inserito il - 31 gennaio 2011 : 16:09:31
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Ragazzi AIUTO!!!
Ho effettuato un allineamento tra due proteine (pessimo, perchè sono molto dissimili!). Una domanda, intanto, ma i valori RMS dei residui, che si alzano parecchio prima di un gap, sono dovuti alla possibile presenza di loop, o non c'entra nulla?
Poi un'altra cosa... dopo aver fatto l'allineamento, mi viene chiesto di colorare una delle due proteine per rmsd, e questo il programma non me lo fa fare!!! ma perchè?
C'è nessuno che sappia dirmi come agire e come riconoscere la regione più dissimile dalla seconda proteina?
Grazie a tutti!
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Elle85
Nuovo Arrivato
Prov.: fr
Città: Sora
2 Messaggi |
 Inserito il - 10 febbraio 2011 : 23:32:39
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| Non credo che si possa colorare solo una proteina per RMS perché viene calcolato sulla distanza dei carboni alfa delle strutture sovrapposte, quindi... comunque c'è la funziona in colour--> by RMS. Per quanto riguarda il confronto io di solito coloro le sequenze diversamente così si possono individuare facilmente le regioni dissimili, ma forse a te serve la relativa sequenza primaria? comunque colorando per RMS si devono benissimo |
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sir3n4
Nuovo Arrivato
40 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2013 : 20:09:30
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help!
salve a tutti spero di ricevere una risposta,
non so come allineare due proteine
2lck.pdb
1okc.pdb
come posso fare?
grazieeee |
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sir3n4
Nuovo Arrivato
40 Messaggi |
Inserito il - 06 febbraio 2013 : 20:30:44
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dimenticavo di scrivere che sto usando pymol :( |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 07 febbraio 2013 : 08:56:12
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Si, è vero che i valori di RMSD variano molto in prossimità dei loop.
Ni, non è proprio vero che la RMSD si calcola sui carboni alpha, si può calcolare su qualsiasi subset di atomi, anche sui residui interi. Ma un approccio corretto sarebbe di allineare su tutti gli atomi del backbone.
Nel tuo caso la RMSD ha poco senso se non è guidato da un allineamento, anzi mi domando come tu sia riuscita a farla su proteine dissimili. Dovresti ricorrere a tools che fanno allineamento strutturale, ovvero combinano le due tecniche. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 07 febbraio 2013 : 08:59:41
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Dimenticavo, il profilo di RMSD può spesso trarre in inganno, soprattutto a livello dei loop che, essendo molto mobili, possono dare valori di RMSD elevati anche tra sequrenze identiche.
Un approccio smart potrebbe essere di combinare i valori di RMSD con quelli di RMSF o con i B-factor. |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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