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ki4rett4
Nuovo Arrivato
35 Messaggi |
 Inserito il - 02 febbraio 2011 : 13:25:32
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Buongiorno ragazzi per piacere aiutatemi su quest esercizio in R. C'ho provato, come sempre, ma non mi escono mai!!
L' esercizio è:
Scrivere una funzione, codificante(rna), che restituisce TRUE se all’interno della sequenza di rna il codone di start (AUG) precede quello di stop (UAA, UGA, o UAG), FALSE altrimenti.
Io l ho svolto in questo modo:
codificante<-function(rna){
for(i in 1:(length(rna)-1)){
if(rna[i]=="A"&rna[i+1]=="U"&rna[i+2]=="G"&(rna[length(rna)-1]=="A"|rna[length(rna)-1]=="G")&(rna[length(rna)-2]=="A"|rna[length(rna)-2]=="G")&rna[length(rna)-3]=="U"){
condizione<-TRUE
}else{
condizione<-FALSE
}
}
return(condizione)
}
Grazie a tutti per l' aiuto e buona giornata!!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 02 febbraio 2011 : 15:18:52
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Dai un'occhiata all'help per grep e funzioni simili...
In particolare quella che serve a te è la funzione gregexpr.
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ki4rett4
Nuovo Arrivato
35 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2011 : 20:30:00
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| Grazie chick80 ma come ho detto anche a globus il professore non ci ha fatto studiare tutte le funzioni, ragion per cui non posso utilizzarle. L' esercizio dovrei svolgerlo con un ciclo for ma come hai visto non mi esce correttamente!! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 03 febbraio 2011 : 20:55:09
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L'esercizio domanda di controllare se il codone di start (AUG) precede quello di stop, tu controlli se c'è un codone di start e se l'ultimo codone è un codone di stop.
Se proprio vuoi usare un ciclo for allora passa ciascun elemento dell'array fino a che trovi un codone di start e metti la posizione del codone in una variabile.
Dopodichè continui da quella posizione fino a trovare un codone di stop.
Se lo trovi allora restituisci TRUE altrimenti FALSE.
PS: sappi tuttavia che in una situazione reale la soluzione di questo tipo di problemi non è decisamente quella che ho scritto di sopra, che è di difficile comprensione, lenta ed inefficiente. Due chiamate a gregexpr basterebbero per avere la soluzione. :)
R è un linguaggio molto potente, ma decisamente i cicli for sono da evitare il più possibile. |
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ki4rett4
Nuovo Arrivato
35 Messaggi |
Inserito il - 04 febbraio 2011 : 13:12:53
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Non ho capito molto bene come si procede chick80....ma proverò a mettere in pratica quello che mi hai detto!! E' intuitivo che sei un esperto di programmazione, sia da come mi esponi la soluzione, sia da come riesci a capire al volo quale sia la soluzione più rapida ed efficiente...Ma io purtroppo è da poco che ho iniziato a programmare, causa esame, per cui non ne capisco molto ma ce la sto mettendo tutta per apprenderne qualcosa e andar al meglio all' esame!! Inoltre, come ti ho detto, non posso utilizzare tutte le funzioni in R, in quanto il prof. vuole che utilizziamo solo ciò di cui lui ci ha parlato...non è colpa mia!
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 04 febbraio 2011 : 17:28:56
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Certo, certo capisco!
Comunque sia prova a scrivere un'altra funzione e poi ne possiamo discutere insieme!
Ricorda, inizia a cercare il codone di start e, una volta trovato passi a cercare lo stop, non cercarli entrambi allo stesso tempo. |
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[R] determinare se una sequenza è codificante
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