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Dilor
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3 Messaggi |
 Inserito il - 13 febbraio 2011 : 10:32:03
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Buongiorno a tutti, avrei bisogno di un aiutino per svolgere questo esercizio:
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Io ho capito che l'entropia, detta brevemente, è una misura della variabilità di una base per colonna di allineamento; costruisco quindi la mia matrice dei pesi con 4 righe, corrispondenti alle basi, e 20 colonne, pari al numero di basi per sequenza, e calcolo l'entropia per colonna.
Ad esempio nella prima colonna ho: A=0.75, C=0.52 ---> H=0.81
Ottenuto il valore di entropia per ogni colonna non so però come procedere per ordinare in senso crescente le sequenze..
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Dilor
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 13 febbraio 2011 : 10:42:48
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| Prendendo come esempio la prima sequenza, sarebbe giusto sommare l'entropia della C, all'entropia della T, fino alla A finale? L'entropia della sequenza sarebbe però maggiore di 2, ma credo che questo non sia un problema perché quando definiamo il limite massimo dell'entropia ci riferiamo all'entropia di una singola posizione. Così riuscirei a mettere in ordine le sequenze ma non ho trovato esempi che giustifichino questo procedimento. |
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